Dirección Ejecutiva
Es la unidad de dirección de primer nivel. Ejerce la máxima autoridad de dirección y decisión del Plan Meriss, responsable de dirigir, gestionar, controlar, supervisar la gestión institucional de acuerdo a las políticas regionales y sectoriales.
Oficina de Control Institucional
Es el órgano perteneciente al Sistema Nacional de Control que se encarga de realizar el control gubernamental del Plan de Mejoramiento de Riego en Sierra y Selva (Plan Meriss), de acuerdo con los artículos 6°, 7° y 8° de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control.
Promueve la correcta y transparente gestión de los recursos y los bienes del Plan Meriss. También, cautela la legalidad y la eficiencia de sus actos y operaciones, así como, el logro de sus resultados mediante la ejecución de los servicios de control.
Unidad de Planificación, Presupuesto y Modernización
Es la unidad responsable de conducir, asesorar, ejecutar y evaluar los procesos técnicos de planificación estratégica, el presupuesto público, la programación multianual y la gestión de las inversiones; así como la modernización de la gestión pública; y las acciones de gestión del conocimiento, cooperación técnico-financiera.
Unidad de Administración
Es la unidad responsable de la administración de los sistemas administrativos de recursos humanos, contabilidad, tesorería y abastecimiento; así como de las acciones relacionadas con la gestión patrimonial, los servicios auxiliares, las tecnologías de información y comunicaciones (TIC), el trámite documentario y el archivo.
Dirección de Estudios
Es la unidad responsable de organizar, dirigir, ejecutar y controlar las actividades de formulación de estudios de preinversión y de los estudios definitivos, expedientes técnicos o documentos equivalentes del Plan de Mejoramiento de Riego en Sierra y Selva (Plan Meriss), de acuerdo con las normas vigentes y las políticas de desarrollo regional.
Dirección de Infraestructura Hidráulica
Es la unidad responsable de organizar, dirigir, ejecutar y controlar la ejecución de inversiones relacionadas a la gestión integrada del riego en cuencas ambientalmente sostenibles y de sus componentes (infraestructura de riego, mitigación de impactos ambientales y medidas de reducción de riesgos), de acuerdo con las normas vigentes y las políticas de gestión institucional.
Subdirección de Gestión Integrada de Riego
Es la unidad responsable de coordinar, dirigir y organizar la gestión integrada del riego en cuencas ambientalmente sostenibles, así como de sus componentes: gestión social, innovación tecnológica, articulación a mercados y adaptación al cambio climático.
Dirección de Supervisión, Liquidación y Transferencia
Es la unidad responsable de organizar, dirigir, ejecutar y controlar las actividades de supervisión de los estudios de preinversión e inversión pública. También, se encarga de ejecutar inversiones de riego, así como efectuar la liquidación técnico-financiera y la transferencia de las obras concluidas.