Es el órgano perteneciente al Sistema Nacional de Control que se encarga de realizar el control gubernamental del Plan de Mejoramiento de Riego en Sierra y Selva (Plan Meriss), de acuerdo con los artículos 6°, 7° y 8° de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control.

Promueve la correcta y transparente gestión de los recursos y los bienes del Plan Meriss. También, cautela la legalidad y la eficiencia de sus actos y operaciones, así como, el logro de sus resultados mediante la ejecución de los servicios de control.

Sus funciones son asignadas por la Contraloría General de la República y mantiene las siguientes líneas de interrelación:

• De jerarquía: depende funcional y orgánicamente de la Contraloría General de la República.
• De autoridad: ejerce autoridad sobre el personal asignado a la Oficina de Control Institucional (OCI).
• De responsabilidad: es responsable del cumplimiento de sus funciones y el logro de sus objetivos y metas ante la Contraloría General de la República.
• De coordinación: para el cumplimiento de sus funciones coordina con las dependencias de control interno del gobierno regional, así como con organismos públicos y privados, nacionales, regionales y locales, relacionados con el ámbito de su competencia.