Es el conjunto de órganos de control que conducen y desarrollan el ejercicio del control gubernamental en forma descentralizada.

Estos órganos de control actúan en las áreas administrativas, presupuestales, operativas y financieras de las entidades, y alcanzan al personal que presta servicio en ellas, independientemente del régimen que las regule.

El Sistema Nacional de Control está conformado por los siguientes órganos de control:

• La Contraloría General de la República como ente técnico rector y máxima autoridad del sistema. Supervisa, vigila y verifica la correcta aplicación de las políticas públicas y el uso de los recursos y bienes del Estado. Tiene autonomía administrativa, funcional, económica y financiera para realizar con eficiencia sus funciones; y atribuciones especiales que le otorga el artículo 22 de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República.

• Todos los Órganos de Control Institucional (OCI) de las entidades que se mencionan en el artículo 3 de la Ley del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría de la República, sean de carácter sectorial, regional, institucional o se regulen por cualquier otro ordenamiento organizacional. Es la unidad orgánica especializada responsable de realizar el control gubernamental en una institución o entidad pública, de conformidad con lo señalado en los artículos 7 y 17 de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República. Su finalidad es promover la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados mediante la ejecución de labores de control.

• Las Sociedades de Auditoría (SOA): Son parte del Sistema Nacional de Control cuando son designadas por la Contraloría General y contratadas, durante un periodo determinado, para realizar servicios de auditoría económica, financiera, de sistemas informáticos, de medio ambiente y otros en las entidades públicas.