La Municipalidad de San Isidro asegura el cumplimiento de sus funciones a través de la siguiente estructura orgánica:

Concejo Municipal

Es el máximo órgano de gobierno de la Municipalidad de San Isidro, ejerce funciones normativas y fiscalizadoras en la institución.

Alcaldía

Es el órgano ejecutivo del Gobierno Local, que tiene la responsabilidad de dirigir, evaluar y supervisar el cumplimiento de los lineamientos de políticas establecidas por el Concejo Municipal, en armonía con los dispositivos legales vigentes.

Gerencia Municipal

Es el encargado de ejecutar y hacer cumplir las políticas del Concejo Municipal y de la Alcaldía; planifica, organiza, dirige y supervisa las actividades de la Municipalidad con estricta sujeción a las normas legales.

Órganos consultivos y de coordinación vecinal

Conformados por el Consejo de Coordinación Local Distrital y la Junta de Delegados Vecinales, buscan la coordinación y concertación con el fin de promover el desarrollo local y la participación ciudadana.

Órgano de Control Institucional

El Órgano de Control Institucional (OCI) está encargado de gestionar el control gubernamental de la Municipalidad de San Isidro, promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad.

Procuraduría Pública Municipal

Es el órgano responsable de la representación y defensa jurídica de los derechos e intereses de la Municipalidad.

Gerencia de Asesoría Jurídica

Es la encargada de ejecutar funciones consultivas en materia jurídica, así como de brindar asesoramiento sobre la adecuada interpretación, aplicación y difusión de las normas legales y de competencia municipal.

Gerencia de Planeamiento, Presupuesto y Desarrollo Corporativo

Organiza, dirige y supervisa las actividades de planeamiento, presupuesto y modernización de la gestión, también efectúa el seguimiento y determina el grado de avance y cumplimiento de los objetivos y metas de la corporación edil.

Secretaría General

Es el área encargada de establecer políticas para una atención de calidad al ciudadano, del Sistema de Gestión Documental y del Sistema Institucional de Archivo de la Municipalidad. La Secretaría General, también atiende las solicitudes en materia de transparencia y acceso a la información pública.

Gerencia de Participación Vecinal

Promueve la participación organizada de los vecinos al facilitar, articular y fortalecer espacios de participación ciudadana en beneficio de la comunidad y la ciudad.

Gerencia de Ética e Integridad

Es la encargada de establecer los compromisos asumidos voluntariamente por la Municipalidad de San Isidro, en promoción de una cultura de cumplimiento, transparencia y lucha contra la corrupción.

Gerencia de Comunicaciones e Imagen Institucional

Desarrolla las estrategias de comunicación municipal, a nivel externo e interno, así como de difusión, planeamiento y organización de actividades y programas institucionales de la gestión municipal, en beneficio de la comunidad.

Gerencia de Administración y Finanzas

Es el órgano de apoyo encargado de planificar, organizar, normar, dirigir, ejecutar y controlar los recursos económicos, financieros y materiales de la Municipalidad.

Gerencia de Gestión de Personas

Es la responsable de la planificación de políticas de recursos humanos, organización del trabajo y su distribución, así como de gestionar el empleo, rendimiento, compensación, capacitación y las relaciones humanas y sociales de los colaboradores municipales.

Gerencia de Tecnologías de la Información y Comunicaciones

Es la encargada de asegurar la operatividad de los recursos y sistemas informáticos y de comunicaciones de la Municipalidad de San Isidro, también de desarrollar iniciativas y proyectos para convertir a San Isidro en una ciudad inteligente.

Gerencia de Rentas

Está encargada de la determinación, recaudación y fiscalización tributaria, así como supervisar el proceso de ejecución coactiva tributaria y no tributaria en el distrito de San Isidro.

Gerencia de Desarrollo Urbano y Económico

Controla y supervisa el proceso de obras privadas, la actividad comercial y la seguridad en las edificaciones de San Isidro, también está encargada de promover el desarrollo económico y de la supervisión de la actualización del catastro distrital.

Gerencia de Inversiones Públicas y Mantenimiento Urbano

Es la encargada de la planificación y ejecución de estudios y proyectos de Inversión Pública, así como de realizar el mantenimiento del mobiliario urbano e infraestructura del distrito.

Gerencia Fiscalización Administrativa

Cautela y supervisa el cumplimiento de las normas y las disposiciones municipales que contienen obligaciones y prohibiciones de cumplimiento estricto, en la jurisdicción de la Municipalidad de San Isidro.

Gerencia de Seguridad Ciudadana, Tránsito y Gestión del Riesgo de Desastres

Supervisa el cumplimiento de la legislación municipal en materia de seguridad ciudadana, tránsito, movilidad urbana y gestión del riesgo de desastres. Se encarga del mantenimiento del orden y el respeto de las garantías individuales y sociales, dentro de la jurisdicción del distrito, en apoyo a la Policía Nacional del Perú.

Gerencia de Educación, Cultura y Turismo

Impulsa el bienestar y desarrollo de la comunidad a través de la promoción de la educación, la cultura y el turismo, en el marco de las competencias municipales.

Gerencia de Salud y Bienestar Social

Promueve y fomenta el bienestar de la comunidad, a través de la prestación de servicios de salud, deportes y al gestionar programas en beneficio del ciudadano, con la finalidad de crear una cultura de prevención y bienestar en el distrito.

Gerencia de Desarrollo Ambiental Sostenible

Promueve, dirige y supervisa las políticas ambientales, la gestión de residuos sólidos, limpieza pública y áreas verdes, con el fin de establecer, organizar y diseñar el desarrollo ambiental sostenible del distrito.