- Coordinación de Supervisión Ambiental en Pesca
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Residuos Sólidos
- Coordinación de Seguimiento y Verificación a las Consultoras Ambientales
- Dirección de Supervisión Ambiental en Infraestructura y Servicios
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Electricidad
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Hidrocarburos
- Dirección de Supervisión Ambiental en Energía y Minas
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Minería
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Agricultura
- Supervisión Ambiental en Pesca
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Industria
- Dirección de Supervisión Ambiental en Actividades Productivas
- Dirección de Fiscalización y Aplicación de Incentivos
- Subdirección de Fiscalización en Infraestructura y Servicios
- Subdirección de Sanción y Gestión de Incentivos
- Subdirección de Fiscalización en Energía y Minas
- Subdirección de Fiscalización en Actividades Productivas
- Subdirección Técnica Científica
- Subdirección de Sitios Impactados
- Coordinación Técnica Especializada de Gestión de Equipos y Muestras Ambientales
- Dirección de Evaluación Ambiental
- Subdirección de Políticas y Mejora Regulatoria
- Subdirección de Fortalecimiento de Capacidades en Fiscalización Ambiental
- Subdirección de Seguimiento de Entidades de Fiscalización Ambiental
- Dirección de Políticas y Estrategias en Fiscalización Ambiental