- Oficina Desconcentrada de Ayacucho
- Oficina Desconcentrada de Arequipa
- Oficina Desconcentrada de Apurímac
- Oficina Desconcentrada de Ancash
- Oficina Desconcentrada de Amazonas
- Subdirección de Sanción y Gestión de Incentivos
- Subdirección de Fiscalización en Infraestructura y Servicios
- Subdirección de Fiscalización en Actividades Productivas
- Subdirección de Fiscalización en Energía y Minas
- Dirección de Fiscalización y Aplicación de Incentivos
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Residuos Sólidos
- Coordinación de Seguimiento y Verificación a las Consultoras Ambientales
- Dirección de Supervisión Ambiental en Infraestructura y Servicios
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Agricultura
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Industria
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Pesca
- Dirección de Supervisión Ambiental en Actividades Productivas
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Hidrocarburos
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Electricidad
- Coordinación de Supervisión Ambiental en Minería
- Dirección de Supervisión Ambiental en Energía y Minas
- Subdirección de Sitios Impactados
- Coordinación Técnica Especializada de Gestión de Equipos y Muestras Ambientales
- Subdirección Técnica Científica
- Dirección de Evaluación Ambiental