Organización
Está a cargo del Ministro de Relaciones Exteriores, quien es la máxima autoridad política del sector Relaciones Exteriores y ejerce las funciones de titular del pliego presupuestal del ministerio. Además, el Ministro es el encargado de conducir la política exterior del Estado, de acuerdo a las directivas que imparta el Presidente de la República y a la Política General del Estado.
Secretaría General
Está a cargo del Secretario General, quien es la más alta autoridad administrativa del ministerio que se encarga de asistir y asesorar al ministro en la gestión de los sistemas de administración, así como en materia de tecnologías de la información y gestión documental y archivo.
Despacho Viceministerial
Está a cargo del Viceministro de Relaciones Exteriores, quien es la autoridad inmediata al Ministro, es un embajador del Servicio Diplomático de la República en actividad y su designación se efectúa mediante Resolución Suprema. Es el Jefe del Servicio Diplomático de la República.