Es el órgano conformante del Sistema Nacional de Control, responsable de llevar a cabo el control gubernamental en la entidad, para la correcta y transparente gestión de sus recursos y bienes, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados, mediante la realización de servicios de control (simultáneo y posterior) y servicios relacionados, conforme a las disposiciones establecidas en la Ley y las normas que emita la Contraloría General de la República, como ente técnico rector del sistema.

Entre sus funciones se encuentran:

• Formular en coordinación con las unidades orgánicas competentes de la Contraloría General de la República, el Plan Anual de Control, de acuerdo con las disposiciones que sobre la materia emita la Contraloría.
• Ejercer el control gubernamental conforme a las disposiciones establecidas en la Ley, las Normas Generales de Control Gubernamental y demás normativa emitida por la Contraloría General de la República.
• Formular, aprobar y notificar a la entidad, los informes resultantes de los servicios de control gubernamental. El Órgano de Control Institucional, según las disposiciones aplicables vigentes, remite a la unidad orgánica o al órgano desconcentrado de la Contraloría General de la República del cual depende, el informe de control para su aprobación. Asimismo, cuando la Vicecontraloría, la Gerencia Regional de Control o la Subgerencia de Control lo disponga, el Órgano de Control Institucional remite a dichos órganos o unidad orgánica, según corresponda, el informe de control aprobado para su notificación a la entidad.
• Apoyar a las comisiones auditoras, comisiones de control, equipos o personas que designe la Contraloría General de la República para la realización de los servicios de control gubernamental en la entidad en la cual se encuentra el Órgano de Control Institucional, de acuerdo con la disponibilidad de su capacidad operativa.
• Mantener ordenados, custodiados y a disposición de la Contraloría General de la República durante diez (10) años los informes resultantes de los servicios de control gubernamental, documentación de control o papeles de trabajo, denuncias recibidas y en general toda documentación relativa a las funciones del Órgano de Control Institucional, luego de los cuales quedan sujetos a las normas de archivo vigente para el sector público.
• Entre otras funciones que puedes consultar en el ROF vigente.