Está a cargo del ministro de salud, quien es la más alta autoridad política y ejecutiva del sector. Es el titular del pliego presupuestario y representa al Ministerio de Salud.

Órgano Consultivo

• Consejo Nacional de Salud

Órgano de Control

• Órgano de Control Institucional

Órgano de Defensa Jurídica

• Procuraduría Pública