Es el órgano del Sistema Nacional de Control encargado de ejecutar el control gubernamental en el Ministerio de Salud y sus órganos desconcentrados. Se encuentra a cargo de un jefe designado por la Contraloría General de la República, el cual mantiene vinculación de dependencia funcional y administrativa, en su condición de ente rector del Sistema Nacional de Control y se sujeta a sus lineamientos y disposiciones en materia de Control Gubernamental.

Unidades Orgánicas

Cuenta con 2 unidades orgánicas:

• Oficina de Servicio de Control Posterior.
• Oficina de Servicios de Control Simultáneo y Servicios Relacionados.