Es el órgano de la alta dirección, responsable de proponer y conducir la implementación, evaluación y supervisión de la política sectorial de salud pública, así como las intervenciones de promoción y protección de la salud de la población. Está a cargo del Viceministro de Salud Pública.

Órganos de línea

• Dirección General de Intervenciones Estratégicas en Salud Pública (DIGIESP).
• Dirección General de Salud Ambiental e Inocuidad Alimentaria (DIGESA).
• Dirección General de Medicamentos, Insumos y Drogas (DIGEMID).
• Dirección General de Gestión del Riesgo de Desastres y Defensa Nacional en Salud (DIGERD).
• Dirección General de Donaciones, Trasplantes y Banco de Sangre (DIGDOT).

Órgano desconcentrado

• Centro Nacional de Epidemiología, Prevención y Control de Enfermedades (CDC)