Presidencia Ejecutiva
Es la máxima autoridad ejecutiva d e la ATU, responsable de conducir el funcionamiento en la entidad. Está a carga de un (una) presidente (a) ejecutivo (a) a dedicación exclusiva y remunerada, quien ejerce la titularidad del pliego presupuestal y de la entidad Es designado por Resolución Suprema con el refrendo del ministro de Transportes y Comunicaciones. Se encarga de supervisar la marcha institucional, ejerciendo las funciones generales como titular de pliego presupuestario.
Gerencia General
La Gerencia General está a cargo de (de la) general, quien es la máxima autoridad administrativa de la ATU, asiste y asesora al (a la) presidente (a) en la gestión administrativa interna de la entidad. Es responsable de la conducción, coordinación y supervisión de la gestión de los sistemas administrativos a su cargo y de los órganos de administración interna. Así como de la supervisión de la autorización permanente del portal de transparencia estándar de la entidad. También supervisa las funciones de las unidades de organización a cargo de las materias en defensa nacional, gestión de riesgo de desastres, atención al ciudadano, gestión documental, integridad, lucha contra la corrupción, imagen institucional, protocolo y relaciones públicas, así como coadyuva en la implementación del sistema de control interno, en el marco de la normatividad vigente.
Órgano de Control Institucional
El Órgano de Control Institucional es conformante del Sistema Nacional de Control, cuya finalidad es llevar a cabo el control gubernamental en la ATU, de conformidad con lo dispuesto en los artículos 6,7 y 8 de la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y a la Contraloría General de la República. Ley N° 27785 promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones; así como , el logro de sus resultados, mediante la ejecución de los servicios de control (simultáneo y posterior) y servicios relacionados, con sujeción a los principios enunciados en el artículo 9° de la Ley. Se encuentra a cargo del Jefe del Órgano de Control Institucional, designado por la Contraloría General de la República, en adelante CGR, con quien mantiene vinculación de dependencia funcional y administrativa.
Oficina de Asesoría Jurídica
Es el órgano de asesoramiento responsable de asesorar y emitir opinión de carácter jurídico - legal sobre los asuntos de competencia de la Alta Dirección y los demás órganos de la ATU. Depende de la Gerencia General. Una de sus funciones es asesorar a la Alta DIrección y a los órganos de la ATU sobre los aspectos jurídicos relacionados con la competencia de la entidad.
Oficina de Planeamiento y Presupuesto
Es el órgano de asesoramiento responsable de los procesos referidos a los sistemas administrativos de planeamiento estratégico, programación multianual y gestión de inversiones, presupuesto público y endeudamiento público; así como la elaboración de documentos de gestión institucional, la coordinación de la cooperación técnica y asuntos internacionales, de conformidad con la normatividad vigente. Asimismo, es responsable del sistema estadístico de la entidad. Depende de la Gerencia General.
Oficina de Procesos y Gestión de Riesgos
La Oficina de Procesos y Gestión de Riesgos es el órgano de asesoramiento responsable la conducción e implementación de la gestión por procesos y gestión de riesgos; así como la gestión del conocimiento de la ATU. Depende de la Gerencia General. Una de sus funciones es proponer lineamientos y acciones de gestión de riesgos, en coordinación con los órganos competentes, así como coordinar e implementar el mapeo de procesos, documentación de procesos, medición del desempeño y mejora de procesos.
Órganos de Línea
Dirección de Integración de Transporte Urbano y Recaudo
Es un órgano de línea responsable de la planificación, normatividad, interoperabilidad y funcionamiento del Sistema de Transporte de Lima y Callao; así como de la conducción y supervición del desarrollo e implementación de los sistemas tecnológicos e infraestructura informática que soportan la gestión del sistema de transporte bajo competencia de la ATU, y de la generación de datos e información para la toma de decisiones. Asimismo, es responsable de establecer el sistema de recaudo único. Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Infraestructura
Es un órgano de línea responsable de formular y ejecutar las inversiones, actividades e intervenciones relacionadas a la infraestructura de transporte e infraestructura complementaria en el marco de las competencias de la ATU; así como coordina, estructura, ejecuta, gestiona y evalúa las concesiones y otras formas de Asociaciones Públicos Privadas (APP). Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Supervisión de Proyectos
Es el órgano de línea responsable de supervisar la elaboración de los expedientes técnicos y la ejecución de las inversiones, actividades e intervenciones de la infraestructura de transporte e infraestructura complementaria en el marco de las competencias de la ATU, sin perjuicio de las competencias del Organismo Supervisor de la Inversión en Infraestructura de Transporte de Uso Público (OSITRAN). Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Operaciones
Es el órgano de línea responsable de la evaluación, otorgamiento y reconocimiento de derechos, a través de autorizaciones, habilitaciones, entre otros, a los prestadores de servicios, conductores y vehículos; así como de la gestión de la operación y mantenimiento de la infraestructura referidos a los servicios de transporte ferroviario, regular y especial de personas, cuando corresponda; y de la administración del sistema de recaudo único, de competencia de la ATU. Además, es responsable de desarrollar e implementar acciones y programas que optimicen los servicios y el funcionamiento integral del Sistema de Transporte. Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Asuntos Ambientales y Sociales
Es el órgano de línea responsable de la gestión ambiental y social relacionada con la infraestructura de transporte, de la infraestructura complementaria en las áreas de influencia de los proyectos a cargo de la ATU, y de los servicios de transporte; así como la gestión comunicacional y de la prevención y solución de conflictos, en coordinación con los organismos competentes. Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Gestión Comercial
Es el órgano de línea responsable de la administración y monitoreo de los ingresos no tarifarios de la infraestructura de transporte e infraestructura complementaria y las acciones relacionadas con la comercialización y negocios colaterales que se deriven de estos, a cargo de la ATU. Depende de la Presidencia Ejecutiva.
Dirección de Fiscalización y Sanción
Es el órgano de línea responsable de concluir las acciones de fiscalización para el cumplimiento de la normatividad vigente y la prestación de los servicios en materias de competencia de la ATU, así como la imposición de sanciones por infracciones a la normatividad de la materia. Depende de la Presidencia Ejecutiva.