- Comisión Oficial de Extradiciones y Traslado de Condenados
- Consejo de Supervigilancia de Fundaciones
- Comisión de Gracias Presidenciales
- Consejo del Notariado
- Consejo Nacional de Política Criminal
- Dirección de Sanciones
- Dirección de Registro Nacional de Protección de Datos Personales
- Comisión Nacional de Estudio y Aplicación del Derecho Internacional Humanitario
- Procuraduría Pública Especializada en Delitos de Corrupción
- Dirección General de Derechos Humanos
- Direcciones Distritales de Defensa Pública y Acceso a la Justicia
- Dirección de Supervisión y Control
- Dirección de Asuntos Interconfesionales
- Dirección de Asuntos de la Iglesia Católica
- Dirección de Cooperación Judicial Internacional
- Dirección General de Justicia y Cultos
- Dirección de Política Penitenciaria
- Dirección de Política Criminal
- Dirección General de Desarrollo y Ordenamiento Jurídico
- Procuraduría Pública del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos.
- Despacho Viceministerial de Derechos Humanos y Acceso a la Justicia
- Despacho Ministerial
- Dirección de Servicios Multidisciplinarios
- Dirección de Asistencia Legal y Defensa de Víctimas
- Dirección de Defensa Penal
