Organización
Alto Mando
- Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas.
- Jefe del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas.
- Inspector General del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas.
Órganos consultivos
Encargados de analizar aquellos asuntos trascendentales relacionados con el funcionamiento y desarrollo del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, asesorando en temas que le sean consultados por el Jefe del CCFFAA quien los convoca y preside.
Órgano de Control Institucional
Responsable del control gubernamental en el Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, de conformidad con las normas del Sistema Nacional de Control. Está ubicado en el mayor nivel jerárquico de la estructura orgánica de la Institución.
Órgano de Inspectoría
Es aquel cuyas competencias se circunscriben a asuntos militares, operacionales y disciplinarios.
Órganos de administración interna
El Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas cuenta con divisiones y oficinas destinadas al planeamiento operativo conjunto en el nivel estratégico-militar, así como al asesoramiento y apoyo al cumplimiento de sus funciones sustantivas.
Órganos de línea
El Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas cuenta con comandos operacionales y especiales, encargados de las operaciones y acciones militares conjuntas de su responsabilidad.