Es el órgano de la alta dirección, responsable de formular, proponer, coordinar, conducir, evaluar y supervisar la implementación de la política sectorial relacionada con la organización, gestión y funcionamiento de la prestación de servicios de salud, al acceso a la atención y al aseguramiento en salud. También a la infraestructura, a tecnologías sanitarias y al desarrollo de los recursos humanos en salud. Está a cargo del Viceministro de Prestaciones y Aseguramiento en Salud.

Órganos de línea

• Dirección General de Aseguramiento e Intercambio Prestacional.
• Dirección General de Telesalud, Referencia y Urgencias.
• Dirección General de Operaciones en Salud.
• Dirección General de Personal de la Salud.

Órganos desconcentrados

• Centro Nacional de Abastecimiento de Recursos Estratégicos en Salud (CENARES).
• Escuela Nacional de Salud Pública (ENSAP).

Programa

• Programa Nacional de Inversiones en Salud (PRONIS).

Órgano Funcional

• Unidad Funcional de Gestión de la Calidad