Es el órgano conformante del Sistema Nacional de Control, encargado de ejecutar el control gubernamental interno posterior y el control gubernamental externo, previstos por las normas legales vigentes. Tiene como misión, promover la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la municipalidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como el logro de sus resultados, mediante la ejecución de acciones y actividades de control, para contribuir con el cumplimiento de los fines y metas institucionales.

El Órgano de Control Institucional es conducido por el funcionario que designe la contraloría general para ocupar su jefatura, el mismo que es personal de dirección y representa al contralor general ante la municipalidad en el ejercicio de las funciones inherentes al ámbito de su competencia. Dicha jefatura mantiene una vinculación de dependencia funcional y administrativa con la contraloría general. El jefe del Órgano de Control Institucional, en virtud de la dependencia administrativa con la contraloría general, es designado y separado por la contraloría general.