La Universidad Nacional Autónoma Altoandina de Tarma (UNAAT), esta organizada de la siguiente manera:
1. Órganos de Alta Dirección
- Asamblea Universitaria: Órgano colegiado, representa a la comunidad universitaria, es la máxima instancia de gobierno en la UNAAT, responsable de dictar las políticas generales de la Universidad.
- Consejo Universitario : Órgano de alta dirección, responsable y máximo órgano de gestión, dirección y ejecución académica y administrativa de la Universidad.
- Rectorado: Es el órgano de Alta Dirección responsable de la dirección, conducción y gestión del gobierno universitario en todos sus ámbitos dentro de los límites de la Ley N°30220 Ley Universitaria y el Estatuto.
- Vicerrectorado Académico: Es el órgano de Alta Dirección, encargado de asumir el rol de dirección, orientado y ejecución de actividades principales y sustantivas a la gestión de la universidad.
- Vicerrectorado de Investigación: Órgano de más alto nivel en la UNAAT en el ámbito de investigación. Está encargado de planificar, orientar y organizar la gestión de la Innovación y las actividades de innovación que se desarrollan en las diferentes académicas y/o de investigación de la universidad buscando integrar la Empresa, el Estado y la Sociedad Civil.
2. Órganos Especiales
- Defensoría Universitaria: Órgano especial, responsable de la tutela de los derechos individuales de los miembros de la comunidad universitaria y vela por el mantenimiento del principio de autoridad.
- Tribunal de Honor: Órgano especial, autónomo, responsable de emitir juicios de valor sobre toda cuestión, ética, en la que tuviera involucrado algún miembro de la comunidad universitaria y propone según sea el caso sanciones correspondiente al Consejo Universitario.
- Comisión Permanente de Fiscalización: Órgano especial responsable de vigilar la gestión académica, administrativa y económica de la UNAAT, cuenta con amplias facultades para solicitar información a toda instancia interna de la universidad.
3. Órganos de Control Institucional
Es un órgano conformante del Sistema Nacional de Control. Encargado de realizar el control gubernamental en la universidad de conformidad con la normativa vigente. Depende funcional y administrativamente de la Contraloría General de la República.
4. Órganos de Línea
- Consejo de Facultad: Órgano de línea responsable del gobierno, dirección y conducción de la Facultad en el contexto de los lineamientos y estrategias emanados por el Consejo Universitario.
- Decanato: Órgano de línea responsable de la dirección académica y administrativa de la Facultad representa a esta ante el Consejo Universitario y Asamblea Universitaria. Depende jerárquicamente del Rectorado.
- Escuela Profesional de Administración.
- Escuela Profesional de Enfermería.
- Escuela Profesional de Medicina Humana
- Escuela Profesional de Ingeniería Agroindustrial.
5. Órganos Dependiente al Rectorado
- Escuela de Posgrado: Es el órgano de línea; responsable de planificar, organizar y conducir el desarrollo de los estudios de posgrado, en coordinación con las unidades de posgrado de las facultades.
6. Órgano Dependiente al Vicerrectorado Académico
- Dirección de Responsabilidad Social Universitaria: Órgano responsable de planificar, organizar, dirigir y articular de manera transversal el cumplimiento de sus funciones de formación académica, de investigación y de servicios de extensión de la UNAAT.
- Dirección de Bienestar Universitario: Órgano de línea responsable de dirigir, efectuar y ofrecer a los estudiantes programas especiales de bienestar en materia de deporte, recreación, cultura, arte, alimentación, salud, psicología y promoción social.
- Dirección de Admisión: Órgano de línea encargado de dirigir, planificador, organizar, ejecutar y evaluar todas las acciones y actividades correspondientes a los procesos de admisión en sus distintas modalidades, conforme a los reglamentos de admisión de la UNAAT.
- Dirección de Asuntos Académicos: Órgano de línea, responsable de normar y administrar los registros de información académica y servicios de biblioteca.
7. Órganos Dependientes al Vicerrectorado de Investigación
- Dirección de Producción de Bienes y Servicios: Órgano de línea, responsable de dirigir y coordinar política productiva de bienes y prestación de servicios a nivel de Facultades que están relacionados con las especialidades.
- Dirección de Incubadora de Empresas: Órgano responsable de dirigir, coordinar, promover y de brindar soporte técnico en ideas de negocio innovador y promueve la iniciativa de la creación de pequeñas y microempresas de base tecnológica de propiedad de los estudiantes.
- Dirección de Innovación y Transferencia Tecnológica: Órgano responsable de la gestión, evaluación, seguimiento y monitoreo de las investigaciones, innovaciones y transferencias tecnológicas teniendo en cuenta las líneas de investigación establecida por la universidad.
- Instituto de Investigación: Órgano responsable de desarrollar investigación tecnológica con multi e interdisciplinariedad, es la unidad operativa que reúne a estudiantes, graduados, docentes, no docentes y especialistas e investigadores externos que se organiza en Unidades Temáticas de Investigación que obedecen a un esquema evolutivo.
8. Órganos de Asesoramiento:
- Oficina de Asesoría Jurídica
- Oficina de Planeamiento y Presupuesto
- Unidad Formuladora
- Oficina de Cooperación y Relaciones Internacionales
- Oficina de Gestión de la Calidad
- Oficina de Comunicación e Imagen Institucional
9. Órganos de Apoyo
- Dirección General de Administración
- Oficina de Tecnologías de la Información
- Secretaria General