Organización
La Alta Dirección cuenta con los siguientes órganos:
Despacho Ministerial
Está a cargo del ministro de Salud, quien es la más alta autoridad política y ejecutiva del sector. Es el titular del pliego presupuestario y representa al Ministerio de Salud.
Despacho Viceministerial de Salud Pública
Está a cargo del viceministro de Salud Pública. Es el órgano de la Alta Dirección, responsable de proponer y conducir la implementación, la evaluación y la supervisión de la política sectorial de salud pública, así como las intervenciones de promoción y protección de la salud de la población.
Despacho Viceministerial de Prestaciones y Aseguramiento en Salud
Está a cargo del viceministro de Prestaciones y Aseguramiento en Salud. Es el órgano de la Alta Dirección, responsable de formular, proponer, coordinar, conducir, evaluar y supervisar la implementación de la política sectorial relacionada a la organización, gestión y funcionamiento de la prestación de servicios de salud, así como al acceso a la atención, al aseguramiento, a la infraestructura, a las tecnologías sanitarias y al desarrollo de los recursos humanos en salud.
Secretaría General
Es el órgano de la Alta Dirección, responsable de la coordinación y supervisión de la gestión de los sistemas administrativos en el Ministerio de Salud y de los órganos de administración interna bajo su competencia.