Gerencia General
Es la máxima autoridad ejecutiva de la ZED Matarani. Organiza y dirige la gestión, cautelando el cumplimiento de los objetivos y planes institucionales.
Oficina de Asesoría Legal
Es un órgano de asesoramiento de la ZED Matarani y se encuentra encargado de proporcionar asesoría en aspectos legales y jurídicos a los órganos de la ZED Matarani.
Oficina de Administración
Es un órgano de apoyo de la ZED Matarani y se encuentra encargado de programar y controlar los procesos técnicos y administrativos de recursos humanos, logística, contabilidad, finanzas, tesorería y ejeución coactiva. Es la máxima instancia técnica en materia presupuestal del al ZED Matarani.
Dirección de Promoción y Desarrollo
Es un órgano de línea de la ZED Matarani encargado de elaborar e implementar los planes de la ZED Matarani: el plan de desarrollo, los planes operativos, los planes especializados como el de marketing y otros con el objeto de atraer e incorporar nuevos usuarios e inversionistas, así como los servicios que brinda la entidad para las operaciones de comercio exterios, desarrollo industrial y agroindustrial.
Dirección de Operaciones
Es un órgano de línea esponsable de controlar y supervisar el ingreso, permanencia y salida de las mercancías se encuentran dentro del ámbito de las operaciones y actividades de la ZED Matarani, asimismo es responsable del registro de los usuarios e importadores.