La UNSM tiene una organización sistémica que comprende órganos de Alta Dirección, Órganos Especiales, Órganos de Control Institucional, Administración Interna (Órganos de Asesoramiento y Órganos de Apoyo), Órganos de Línea (Órgano dependiente al Rectorado, Órgano dependiente al Vicerrectorado Académico y Órgano dependiente al Vicerrectorado de Investigación).

La estructura orgánica de la UNSM es de la siguiente manera:

I. ÓRGANOS DE ALTA DIRECCIÓN

  • Asamblea Universitaria.
  • Consejo Universitario.
  • Rectorado.
  • Vicerrectorado Académico.
  • Vicerrectorado de Investigación.

II. ÓRGANOS ESPECIALES

  • Defensoría Universitaria.
  • Tribunal de Honor Universitario.
  • Comisión Permanente de Fiscalización.

III. ÓRGANOS DE CONTROL INSTITUCIONAL

  • Órgano de Control Institucional.

IV. ADMNISTRACIÓN INTERNA: ÓRGANOS DE ASESORAMIENTO

  • Oficina de Asesoría Jurídica.
  • Oficina de Planeamiento y Presupuesto.
    • Unidad de Planeamiento y Modernización.
    • Unidad de Presupuesto.
    • Unidad Formuladora.
  • Oficina de Cooperación y Relaciones Internacionales.
  • Oficina de Gestión de la Calidad.
    • Unidad de Acreditación.
    • Unidad de Gestión de la Calidad y Auditoría.
  • Oficina de Comunicación e Imagen Institucional.

V. ADMNISTRACIÓN INTERNA: ÓRGANOS DE APOYO

  • Secretaría General.
    • Unidad de Archivo y Trámite Documentario.
    • Unidad de Grados y Títulos.
  • Dirección General de Administración.
    • Unidad de Recursos Humanos.
    • Unidad de Abastecimiento.
    • Unidad de Contabilidad.
    • Unidad de Tesorería.
    • Unidad Ejecutora de Inversiones.
    • Unidad de Servicios Generales.
  • Oficina de Tecnologías de la Información.

VI. ÓRGANOS DE LÍNEA

  • Consejo de Facultad.
  • Decanato.
    • Departamento Académico.
    • Escuela Profesional.
    • Unidad de Investigación.
    • Unidad de Posgrado.

VII. ÓRGANOS DEPENDIENTES AL RECTORADO

  • Escuela de Posgrado.

VIII. ÓRGANOS DEPENDIENTES DEL VICERRECTORADO ACADÉMICO

  • Dirección de Admisión.
  • Dirección de Asuntos Académicos.
    • Unidad de Registro Central.
    • Unidad de Seguimiento al Egresado e Inserción Laboral.
    • Unidad de Biblioteca.
    • Unidad de Educación Continua.
  • Dirección de Bienestar Universitario.
    • Unidad de Servicio Social.
    • Unidad de Alimentación.
    • Unidad de Recreación y Deporte.
    • Unidad Psicopedagógica.
  • Dirección de Proyección Social y Extensión Cultural.

IX. ÓRGANOS DEPENDIENTES DEL VICERRECTORADO DE INVESTIGACIÓN

  • Dirección de Innovación y Transferencia Tecnológica.
  • Dirección de Producción de Bienes y Servicios.
    • Centro Pre Universitario.
    • Centro Médico Universitario.
    • Centro de Biodiversidad y Museo.
  • Dirección de Incubadora de Empresas.
  • Instituto de Investigación.
    • Unidad de Fondo Editorial.
    • Unidad de Gestión de la Investigación.