Asamblea Universitaria
Es el órgano de Alta Dirección que representa a la comunidad universitaria y se encarga de dictar las políticas generales de la UNISCJSA.
Consejo Universitario
Es el órgano de Alta Dirección, responsable de la gestión, la dirección y la ejecución académica y administrativa de la UNISCJSA.
Rectorado
Es el órgano de Alta Dirección responsable de la dirección, la conducción y la gestión de gobierno universitario en todos sus ámbitos, dentro de los Iímites de la Ley N° 30220, Ley Universitaria y el Estatuto.
Vicerrectorado Académico
Es el órgano de Alta Dirección, dependiente del Rectorado, responsable de la conducción y la gestión académica de la universidad, tanto en el pregrado como en el posgrado.
Se encarga de coordinar con las facultades, los departamentos y la Escuela de Posgrado.
Vicerrectorado de Investigación
Es el órgano de Alta Dirección, dependiente del Rectorado, responsable de la conducción y la gestión en investigación de la universidad.
Se encarga de coordinar con las facultades, los departamentos y la Escuela de Posgrado.
Defensoría Universitaria
Es el órgano especial responsable de tutelar los derechos de los miembros de la comunidad universitaria y de velar por el mantenimiento del principio de autoridad responsable.
Tribunal de Honor Universitario
Es el órgano responsable de emitir juicios de valor sobre toda cuestión ética, en la que estuviera involucrado algún miembro de la comunidad universitaria. Asimismo, propone, según el caso, las sanciones correspondientes.
Comisión Permanente de Fiscalización
Es el órgano responsable de vigilar la gestión académica, administrativa y económica de la universidad.
Órgano de Control Institucional
Es el órgano responsable de realizar el control gubernamental en la entidad para la gestión correcta y transparente de sus recursos y bienes, cautelando la legalidad y la eficiencia de sus actos y operaciones; así como, el logro de sus resultados, mediante la realización de servicios de control (simultáneo y posterior) y servicios relacionados. Depende funcionalmente de la Contraloría General de la República.
Oficina de Asesoría Jurídica
Es un órgano, dependiente del Rectorado, responsable del proceso de asesoramiento jurídico y de absolver las consultas de asuntos legales que sean formuladas por las unidades de organización que conforman la UNISCJSA.
Oficina de Planeamiento y Presupuesto
Es el órgano, dependiente del Rectorado, responsable de conducir el proceso de planeamiento. presupuesto. Programación Multianual de Inversiones y modernización de la UNISCJSA, en concordancia con sus sistemas administrativos respectivos.
Oficina de Cooperación y Relaciones Públicas
Es el órgano, dependiente del Rectorado, responsable de planear, dirigir, coordinar, promover y evaluar las acciones, en materia de cooperación a nivel nacional e internacional.
Oficina de Gestión de Calidad
Es el órgano, dependiente del Rectorado, responsable de planificar, organizar, conducir, proponer, ejecutar y evaluar la implementación del Sistema de Gestión de Calidad de la universidad.