- Unidad de Secretaria General: Es el órgano que se encarga de brindar el apoyo administrativo al despacho de Alcaldía y al Concejo Municipal.
- Oficina de Registro Civil: Es el área encargada de las actividades de registro del Estado Civil en la Municipalidad, además de llevar las estadísticas correspondientes en función a las normas legales.
- Unidad de Logística, Patrimonio y Almacén: Es un órgano de apoyo encargado de la adquisición, registro, control, conservación y entrega de los bienes materiales requeridos por la institución, así como de la custodia a los recursos materiales de la institución y de los bienes muebles e inmuebles de la organización. Está encargado de entregar los bienes y servicios que las demás unidades orgánicas de la municipalidad necesitan para ejecutar sus tareas y trabajos en función a la programación aprobada.
- Unidad de Contabilidad y Tesorería: Es el órgano de apoyo encargado de desarrollar las acciones técnicas propias del sistema de contabilidad gubernamental de la municipalidad, del sistema de tesorería y el control de la ejecución presupuestaria aprobada, analizar el flujo de caja dinámico que permita predecir cuál será el comportamiento de la liquidez monetaria para programar la ejecución de proyectos, la ejecución de egresos y la política de ingresos propios y de acopiar la información de todas las áreas funcionales de la municipalidad, procesaría, proyectarla y generar a partir de esta información, un conjunto de informaciones para la toma de decisiones y para cumplir con la transparencia establecida por la Ley.
- Oficina de Asesoría Jurídica de la Municipalidad: Es el órgano de asesoramiento encargado de dirigir, ejecutar y evaluar la interpretación y aplicación de la legislación vigente para optimizar la toma de decisiones de los órganos de administración y gobierno de la municipalidad distrital de San Antonio.
- Unidad de Planificación, Racionalización y Presupuesto: Es un órgano asesor, responsable de conducir, asesorar, ejecutar y evaluar las actividades relacionadas al Planeamiento y el Presupuesto, la Racionalización y la Estadística distrital; así como evaluar las acciones de la Oficina de Programación de Inversiones de la Municipalidad distrital.
- Unidad de Obras: Es el órgano encargado de la elaboración de estudios y proyectos de infraestructura de uso público para la ejecución por el Gobierno Local; planificar, normar, dirigir, ejecutar las obras en el ámbito del distrito, ordenando la información para una adecuada liquidación de los mismos; tiene la responsabilidad de hacer el mantenimiento de la vialidad urbana y rural contando para ello con el pool de maquinaria, que a su vez debe planificar el uso adecuado y el mantenimiento de la misma; conducir el proceso de desarrollo urbano integral y armónico de la circunscripción, en sus aspectos de planeamiento, vivienda, control de la ejecución de obras públicas y privadas, catastro, saneamiento físico legal de los asentamientos humanos y trámite para la adjudicación y expropiación de terrenos.
- Unidad de Defensa Civil: Es el área encargada de promover la protección a la propiedad pública y privada, así como a los ciudadanos de la localidad y la prevención en caso de desastres naturales.
- Unidad de Gestión Municipal para la Prestación de Servicios de Saneamiento: Es la encargada de planificar y ejecutar planes de apoyo a los sistemas de agua y saneamiento a cargo de las organizaciones comunales responsables de la administración, operación y mantenimiento, a fin de asegurar un servicio de calidad, contribuir a la reducción de enfermedades de origen hídrico y a la mejora de las condiciones de salud de las familias.
- Área Técnica Municipal: es la unidad orgánica encargada de la crucial labor de supervisar, vigilar, organizar y regular los servicios de saneamiento dentro de su jurisdicción. Su misión principal es asegurar que los habitantes del distrito tengan acceso a servicios básicos de calidad que garanticen su salud pública y mejoren su calidad de vida, en concordancia con la normativa nacional y local aplicable al sector saneamiento.
- Unidad de Gestión Ambiental: Es la unidad orgánica responsable de programar, dirigir, ejecutar y supervisar el servicio de limpieza pública y el tratamiento de residuos sólidos en el distrito, así como las actividades de mantenimiento de parques y jardines, así mismo tiene la función de promover el cuidado del medio ambiente así como también formular, aprobar, ejecutar y monitorear los planes y políticas locales en material ambiental, en concordancia con las políticas, normas y planes regionales, sectoriales y nacionales, promover la creación de áreas de conservación ambiental y conformación de comités ecológicas a nivel de la jurisdicción de San Antonio.
- Unidad de Recaudación y Registro Tributario: Es el órgano encargado de llevar a cabo el registro, control, recaudación y orientación de los contribuyentes respecto a sus funciones tributarias; así como proponer las políticas y campañas destinadas a incrementar la recaudación en la municipalidad distrital de San Antonio.
- Unidad de Fiscalización Tributaria y No Tributaria: Es el órgano encargado de fiscalizar, notificar y hacer cumplir las normas tributarias y notributarias municipales.
- Unidad de Seguridad Ciudadana y Guardianía: Tiene como misión proporcionar condiciones adecuadas de seguridad ciudadana en el distrito y velar por los bienes municipales; desarrolla sus actividades a través de acciones de prevención ante situaciones de violencia o delincuencia; contribuir a mantener el orden, la seguridad y el respeto de las garantías individuales y sociales en apoyo a la Policía Nacional del Perú.
- Unidad de Programas Sociales, PVL y Atención del Adulto Mayor: Es la unidad encargada de la responsabilidad de distribuir las raciones de alimentación que el Estado entrega a los niños y ciudadanos menos favorecidos (PVL) y velar por el bienestar de los ciudadanos desprotegidos, de la defensoría de la mujer, el niño y el adolescente (DEMUNA), desarrollar actividades en beneficio de las personas con discapacidades (OMAPED) y la creación del Centro Integrado del Adulto Mayor.
- Área de OMAPED: Tiene por función el velar por el bienestar, mediante el desarrollo de actividades en beneficio de las personas del ciudadano con discapacidad.
- Área de DEMUNA: Tiene por función velar por el bienestar de los ciudadanos desprotegidos, de la defensoría de la mujer el niño y el adolescente.
- Área de CIAM: Es un espacio creado para la participación e integración social, económica y cultural de la persona Adulta Mayor.