La Municipalidad Distrital de Nueva Cajamarca asegura el cumplimiento de sus funciones a través de la siguiente estructura orgánica:
Concejo Municipal
Es el máximo órgano de gobierno de la Municipalidad de Nueva Cajamarca, ejerce funciones normativas y fiscalizadoras en la institución.
Alcaldía
Es el órgano ejecutivo del Gobierno Local, que tiene la responsabilidad de dirigir, evaluar y supervisar el cumplimiento de los lineamientos de políticas establecidas por el Concejo Municipal.
Gerencia Municipal
Es el encargado de ejecutar y hacer cumplir las políticas del Concejo Municipal y de la Alcaldía; planifica, organiza, dirige y supervisa las actividades de la Municipalidad con estricta sujeción a las normas legales.
Concejo de Coordinación Local Distrital
Conformados por el Alcalde de la Municipalidad Distrital, los regidores, Alcaldes de los Centros Poblados de la respectiva jurisdicción distrital y por los representantes de las organizaciones sociales de base, comunidades campesinas y nativas, asociaciones, organizaciones de productores, gremios empresariales, juntas vecinales y cualquier otra forma de organización de nivel distrital, buscan la coordinación y concertación con el fin de promover el desarrollo local y la participación ciudadana.
Junta de Delegados Vecinales Comunales
Conformado por los vecinos representantes de las agrupaciones urbanas y rurales que integran el distrito y que se encuentran organizadas como juntas vecinales. También la integran las organizaciones sociales de base, vecinales o comunales, las comunidades nativas respetando su autonomía y evitando cualquier injerencia que pudiera inferir en sus decisiones, y por los vecinos que representan a las organizaciones sociales del distrito que promueven el desarrollo local y la participación vecinal.
Órgano de Control Institucional
El Órgano de Control Institucional (OCI) está encargado de gestionar el control gubernamental de la Municipalidad Distrital de Nueva Cajamarca, promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad.
Procuraduría Pública Municipal
Es el órgano responsable de la representación y defensa jurídica de los derechos e intereses de la Municipalidad.
Oficina General de Asesoría Jurídica
Es la encargada de ejecutar funciones consultivas en materia jurídica, así como de brindar asesoramiento sobre la adecuada interpretación, aplicación y difusión de las normas legales y de competencia municipal.
Oficina General de Planeamiento y Presupuesto
Encargado de dirigir, planear, organizar, controlar y evaluar las actividades de los sistemas administrativos de planeamiento estratégico, presupuesto público, programación multianual, gestión de inversiones y modernización en concordancia con el Plan de Desarrollo Local Concertado Distrital (PDLCD) y el Plan estratégico Institucional (PEI).
Oficina de Planeamiento y Modernización
Encargada de programar, organizar, coordinar y ejecutar los procesos de planificación estratégica, modernización y cooperación técnica y generar la información estadística de la Municipalidad.
Oficina de Presupuesto
Encargada de programar, formular, evaluar y controlar el presupuesto municipal de acuerdo con la normativa vigente.
Oficina de Programación Multianual de Inversiones
Encargada de la fase de programación multianual del ciclo de inversión del Sistema de Programación Multianual y Gestión de Inversiones.
Oficina General de Administración
Responsable de dirigir, planear, organizar y evaluar los sistemas administrativos, con el fin de apoyar oportuna y eficientemente al cumplimiento de los objetivos institucionales.
Oficina de Contabilidad
Es la unidad orgánica responsable de coordinar, controlar y ejecutar los procesos del sistema de contabilidad gubernamental, del registro contable, del control previo de las operaciones financieras y de la elaboración de los Estados Financieros de la Municipalidad.
Oficina de Tesorería y Caja
Es la unidad orgánica responsable de gestionar el flujo y pasivos financieros que incluye la estructuración del financiamiento del presupuesto; así como, ejecutar la gestión de pasivos financieros y, sus riesgos financieros, y parte de la estructuración del financiamiento. en el marco del Sistema Nacional de Tesorería y del Sistema Nacional de Endeudamiento Público.
Oficina de Gestión de Recursos Humanos
Es la unidad orgánica responsable de coordinar, controlar y ejecutar las acciones propias del sistema administrativo de gestión de recursos humanos, orientando la realización individual del personal hacia el logro de objetivos institucionales de la Municipalidad.
Oficina de Abastecimiento
Es la unidad orgánica encargada de la programación, ejecución y control de los procesos del sistema administrativo de abastecimiento de la municipalidad, de conformidad con la normativa correspondiente.
Oficina de Tecnologías de Información
Es la unidad orgánica responsable de coordinar, organizar, ejecutar y controlar la implementación, desarrollo y
mantenimiento de los sistemas para la gestión de los procesos de la municipalidad, así mismo promover el máximo acceso y uso de las tecnologías digitales por parte de los ciudadanos e integrantes de la gestión municipal.
Gerencia de Administración Tributaria
Es el órgano de línea encargado de dirigir, planificar. organizar, supervisar y evaluar la administración, registro, recaudación fiscalización, asesoría y orientación tributaria municipal, así como proponer las medidas sobre política tributaria.