A cargo del Secretario General, quien es la máxima autoridad administrativa del Ministerio. Asiste y asesora al Ministro en materia de sistemas administrativos y es el ente encargado de supervisar la actualización permanente del portal de transparencia. Coordina los asuntos relacionados con el Despacho Ministerial y se encuentra encargado de la orientación, coordinación y supervisión de las actividades de las unidades orgánicas a su cargo, de acuerdo con las directivas impartidas por el Ministro. Actúa como nexo de coordinación entre la Alta Dirección y los Órganos de Asesoramiento y Apoyo.

La Secretaría General cuenta con la siguiente estructura:

Oficina General de Administración

Es el órgano de apoyo del Ministerio encargado de administrar y proveer a las dependencias de la institución de los recursos humanos, materiales, económicos, financieros e informáticos necesarios para asegurar una eficiente y eficaz gestión institucional. Depende jerárquicamente de la Secretaría General.

Oficina General de Planeamiento y Presupuesto

La Oficina General de Planeamiento y Presupuesto es el órgano de asesoramiento encargado de conducir, coordinar, supervisar y evaluar los procesos de planeamiento, presupuesto, programación de inversiones, racionalización, coordinación regional y cooperación internacional de la institución.

Oficina General de Asesoría Jurídica

Es el órgano de asesoramiento del Ministerio encargado de asesorar a la Alta Dirección y a los demás órganos del Ministerio, cuando corresponda; emitiendo opinión sobre aspectos legales del Sector, así como proponiendo las normas legales pertinentes.

Oficina de Defensa Nacional

Es la unidad orgánica encargada de asesorar a la Alta Dirección en asuntos relacionados con la Defensa Nacional en el Sector Energía y Minas, en concordancia con los intereses estratégicos y los planes previstos en el Sistema de Defensa Nacional, así como de organizar y coordinar las acciones relacionadas con la seguridad integral del Ministerio.

Oficina de Administración Documentaria y Archivo Central

Es la unidad orgánica encargada de programar, conducir y evaluar las actividades de administración documentaria, así como de mantener, organizar y controlar el Archivo Central.

Oficina de Imagen Institucional y Comunicaciones

Es la unidad orgánica encargada de planear, ejecutar, dirigir y coordinar las actividades de comunicación institucional, proyectar la imagen del Ministerio en el ámbito interno y externo, divulgar la información técnica del Sector y llevar a cabo las actividades de prensa y protocolo.

Oficina de Integridad Institucional

Es una unidad orgánica encargada de promover y desarrollar acciones de fortalecimiento de la integridad y desarrollar mecanismos para prevenir y combatir la corrupción.