El EGC es una unidad funcional de apoyo técnico – normativo, cuya función es planificar, coordinar, supervisar, evaluar y ejecutar las actividades relacionadas a la implementación, mantenimiento y actualización del Sistema de Gestión de la calidad (SGC) para las Subdirecciones de investigación y laboratorios de enfermedades transmisibles y no transmisibles del CNSP.

Actualmente el EGC cuenta con 03 áreas: El área de Calidad (ACAL), el área de Bioseguridad (ABIO) y el área de Transferencia Tecnológica (ATT).

• Política de la Calidad del CNSP: formulario oficializado por Memorando N° 2608-2024-D-CNSP/INS y el registro tiene fecha del 28 de marzo de 2025.
• Mapa de Procesos: formulario oficializado por Memorando N° 2608-2024-D-CNSP/INS y el registro tiene fecha del 28 de marzo de 2025.
• Alcance de la acreditación bajo la NTP-ISO 15189 ante INACAL:

1. POE-CNSP-006: Recuento de linfocitos CD4, CD8, CD3 por citometría de flujo, utilizando el Citómetro BDFACS Canto II. (LRN de Virus de Transmisión Sexual).
2. POE-CNSP-064: Ensayo de sonda en línea para la identificación y detección de resistencia a rifampicina e isoniacida del complejo Mycobacterium tuberculosis. (LRN de Micobacterias).
3. POE-CNSP-068: Panel de sensibilidad a drogas antituberculosis en medio de cultivo líquido con indicador de crecimiento de micobacterias. (LRN de Micobacterias).
4. POE-CNSP-096: Cuantificación de carga viral VIH-1 mediante PCR en tiempo real - Plataforma cobas 6800. (LRN de Virus de Transmisión Sexual).
5. POE-CNSP-143: RT-PCR en tiempo real para la detección de virus influenza. (LRN de Virus Inmunoprevenibles)
6. POE-CNSP-185: Ensayo de sonda en línea para la identificación y detección de resistencia a fluoroquinolonas y aminoglucósidos / péptidos cíclicos del complejo Mycobacterium tuberculosis. (LRN de Micobacterias).