Es responsable de crear estrategias de prevención, control y reducción de los riesgos y daños a la salud de los pueblos indígenas u originarios, considerando los determinantes sociales de la salud, los enfoques de género, la interculturalidad y los derechos humanos. Depende de la Dirección General de Intervenciones Estratégicas en Salud Pública.

Diseña políticas sectoriales y participa en la creación de lineamientos multisectoriales que mejoran la salud de las comunidades amazónicas, andinas y la población afroperuana en el territorio nacional; en coordinación directa con direcciones regionales de salud, organizaciones representativas y otras instancias gubernamentales.

Implementa planes, programas y proyectos de desarrollo en las actividades de promoción de la salud, prevención, recuperación y rehabilitación de la salud en poblaciones indígenas y población afroperuana. Además, coordina con organismos supranacionales para el desarrollo de acciones sobre la base de experiencias de buenas prácticas en países con poblaciones indígenas.

Impulsa la adaptación cultural en los servicios de salud como una forma de atención frente a la diversidad de nuestro país, incluyendo el fortalecimiento de competencias del personal de salud sobre la interculturalidad, y promueve el involucramiento y la participación de la comunidad en procesos educativos y de vigilancia.

Representa al Ministerio de Salud en comisiones multisectoriales como la Comisión Multisectorial de naturaleza permanente para la aplicación del derecho a la consulta previa y la Comisión Multisectorial de la Ley N° 28736, encargada del reconocimiento de los Pueblos Indígenas en Aislamiento y en Contacto Inicial (Piaci).