La Ex Dirección de Salud III Lima, fue creada mediante RM Nº 191-87-SA-DM con fecha 20 de marzo de 1987, siendo esta dependencia en su inicio, Unidad Departamental de Salud III Lima.
El 31 de diciembre de 1992 mediante R.M. Nº 805-92-SA-DM cambia de denominación a Dirección de Salud III Lima Norte cuyo ámbito jurisdiccional estaba conformado por los distritos de Ancón, Santa Rosa, Puente Piedra, Rímac, San Juan de Lurigancho, Carabayllo, Comas, Independencia, etc.
En Septiembre del 2005 mediante R.M Nº 689-2005/MINSA reordenan los ámbitos jurisdiccionales de las Direcciones de Salud de Lima, modificándose el ámbito de la Ex DISA, en el marco del proceso de descentralización y asume la gestión sanitaria del territorio correspondiente a la Región Lima conformado por 9 provincias del antiguo departamento de Lima y adquiere la denominación de Dirección de Salud III Lima.
Mediante Resolución de Secretaría de Descentralización Nº 037-2007-PCM/SD, del mes de noviembre del año 2007, certifica que el Gobierno Regional de Lima, han cumplido los requisitos específicos mínimos para la transferencia de funciones sectoriales en materia de salud.
Con fecha 23 de enero 2008 la secretaría de Descentralización de la Presidencia del Consejo de Ministro emite la Resolución de Descentralización Nº 006-2008-PCM/SD que certifica que el Gobierno Regional ha cumplido con los requisitos generales , culminando la transferencia e informando a los sectores del Gobierno Nacional (Ministerio de Salud).
El 01 de Marzo del 2008 se transfiere la Dirección de Salud III Lima al Gobierno Regional de Lima y el Consejo Regional del Gobierno Regional de Lima mediante Ordenanza Regional Nº 002-2008-CR-RL, aprueba la Transferencia cambiando la denominación a Dirección Regional de Salud Lima, con dependencia administrativa del Gobierno Regional de Lima.