Es el órgano responsable de supervisar el uso adecuado de los recursos públicos y el cumplimiento de la normativa, en coordinación con la Contraloría General de la República.

• Formular el Plan Anual de Control en coordinación con la Contraloría General de la República (CGR), de acuerdo con los lineamientos y normativas emitidos por la CGR.
• Ejecutar los servicios de control interno simultáneo y posterior, así como los servicios relacionados, conforme a las Normas Generales de Control Gubernamental y demás disposiciones de la CGR.
• Supervisar el cumplimiento de las normas de control gubernamental, asegurando que los procesos y productos auditados cumplan con los estándares exigidos por la CGR.
• Comunicar oportunamente los resultados de los servicios de control, primero a la CGR para su revisión de oficio y luego al titular correspondiente de la entidad, así como a otros órganos competentes según ley.
• Actuar de oficio ante indicios de irregularidades, como falsificación de documentos o hechos anómalos, e informar a las autoridades competentes (por ejemplo, Ministerio Público), conforme a la normativa.
• Orientar, recibir, derivar y atender denuncias presentadas por servidores públicos o ciudadanos, dándoles el trámite correspondiente bajo las disposiciones del Sistema Nacional de Atención de Denuncias.
• Realizar el seguimiento a las acciones correctivas que la entidad implemente como resultado de los servicios de control, para verificar su efectiva ejecución.
• Promover la capacitación y desarrollo de competencias del jefe y del personal del OCI, especialmente a través de la Escuela Nacional de Control u otras instituciones educativas, para fortalecer las capacidades técnicas del órgano.
• Mantener debidamente resguardados y disponibles los documentos de control, informes, denuncias y demás información bajo custodia, de conformidad con las normas de archivo vigentes.
• Promover y evaluar la implementación y mantenimiento del Sistema de Control Interno por parte de la entidad.
• Coordinar con otros OCI cuando corresponda, conforme a las disposiciones de la CGR, para planificar y ejecutar acciones de control conjuntas o complementarias.
• Desarrollar otras funciones que establezca la Contraloría General de la República en el marco del ejercicio del control gubernamental.