La Sub Unidad de Investigación e Innovación Tecnológica forma parte de la Unidad de Desarrollo de Investigación, Tecnologías y Docencia; lidera la investigación científica, y la innovación tecnológica en el Instituto Nacional del Niño San Borja, mediante el desarrollo de cultura de investigación en los profesionales de la salud de la institución, la promoción de la investigación científica, y la innovación tecnológica aplicada a todos los aspectos de la salud pediátrica de nuestro país.