Dependen administrativa y funcionalmente del Instituto Nacional de Salud (INS), apoyan la organización y funcionamiento de los laboratorios de referencia regional y con tal finalidad tienen las funciones siguientes:

• Realizar servicios de diagnóstico altamente especiliazado en las muestras remitidas por los laboratorios de referencia regional.
• Planificar, programar y ejecutar acciones de control de calidad y evaluación de los laboratorios de referencia regional.
• Planificar, programar y ejecutar acciones de capacitación, supervisión y evaluación de los procedimientos de diagnóstico de los laboratorios de referencia regional.
• Promover, programar, ejecutar, apoyar, asesorar y evaluar investigaciones relacionadas a problemas de salud prevalentes en el país.
• Promover la transferencia de tecnologías a la Red de Laboratorios.
• Elevar a la alta dirección del Ministerio de Salud información sobre las actividades de los laboratorios de referencia nacional y difundirla a toda la Red.
• Normar los procedimientos técnicos de laboratorio en el campo de la salud pública de acuerdo a la normatividad internacional.

Esta conformado por los siguientes laboratorios:

1. Biotecnología y Biología Molecular
2. Enfermedad de Chagas
3. Enteroparásitos
4. Enteropatógenos
5. Entomología
6. Hepatitis y Enterovirus
7. Infecciones intrahospitalarias
8. Leishmaniasis
9. Malaria
10. Metaxénicas bacterianas
11. Metaxénicas virales
12. Micobacterias
13. Micología
14. Sarampión y Rubéola
15. Virus de transmisión sexual y VIH/SIDA
16. Virus respiratorios
17. Zoonosis bacterianas
18. Zoonosis parasitarias
19. Zoonosis virales
20. Bacterias de Transmisión Sexual