Es responsable de llevar a cabo el control gubernamental en la entidad, de conformidad con la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República, sus normas reglamentarias, modificatorias y complementarias. Se ubica en el mayor nivel jerárquico organizacional.

Depende administrativa y funcionalmente de la Contraloría General de la República, sin perjuicio de lo cual informa directamente al Ministro sobre los requerimientos y resultados de las acciones y actividades del control, inherentes al ámbito de su competencia.