Es responsable de las acciones de política exterior, en los ámbitos bilateral y multilateral, vinculadas al resguardo de los intereses y derechos del Perú en materia de recursos hídricos transfronterizos, en coordinación con la Autoridad Nacional del Agua, el Ministerio del Ambiente, el Instituto Geológico, Minero y Metalúrgico, el Servicio Nacional de Meteorología e Hidrología del Perú y demás entidades vinculadas.

La Dirección de Aguas Transfronterizas es una unidad orgánica que depende de la Dirección General de Soberanía, Límites y Asuntos Antárticos.

Entre sus funciones se encuentran:

• Representar al Ministerio en los mecanismos bilaterales y multilaterales de gestión integrada de recursos hídricos transfronterizos.
• Realizar el registro y análisis de la información sobre las condiciones de las aguas transfronterizas, considerando aspectos como el ciclo hidrológico, el monitoreo de la calidad de aguas y sedimentos, el caudal ecológico, la evaluación estratégica ambiental, las actividades productivas, la demografía, la población, así como sus impactos en términos de cambio climático, deforestación, contaminación, desertización, y stress hídrico.
• Efectuar el seguimiento de los instrumentos internacionales y obligaciones que derivan de los tratados de límites del Perú con relación a las aguas transfronterizas.
• Coordinar con los sectores nacionales competentes la elaboración de información relevante para procesos de negociación en temas de gestión integrada de recursos hídricos transfronterizos tanto en el ámbito bilateral como multilateral.
• Organizar reuniones ordinarias y extraordinarias de las comisiones mixtas de aguas transfronterizas, en coordinación con los órganos de línea respectivos y entre grupos de usuarios de la esfera internacional y local.
• Entre otras funciones que puedes consultar en el ROF vigente.