Es el conjunto de acciones, actividades, planes, políticas, normas, registros, organización, procedimientos y métodos (incluyendo las actitudes de las autoridades y el personal), organizados e instituidos en la Municipalidad Distrital José María Arguedas, que contribuyen al cumplimiento de los objetivos institucionales y promueven una gestión eficaz, eficiente, ética y transparente.

Se organiza en 3 ejes:

Cultura Organizacional: para fortalecer la gestión municipal a través de la implementación de una estructura orgánica adecuada y la asignación clara de responsabilidades, así como el desarrollo de canales de comunicación efectivos, procesos para el reclutamiento y retención de personal calificado; y el desarrollo de prácticas, valores éticos y reglas de conducta.
Gestión de Riesgos: para identificar, valorar y controlar los factores que pudieran afectar negativamente el cumplimiento de los objetivos institucionales, relacionados a los bienes y servicios que se brindan a la población.
Supervisión: para monitorear y evaluar la implementación de los dos ejes anteriores. Tras su realización, la municipalidad elabora informes de seguimiento y evaluación que son enviados a la Contraloría General de la República.

A continuación se detallan las acciones que la Municipalidad Distrital José María Arguedas viene realizando en la Implementación del Sistema de Control Interno: