Son órganos de funcionamiento temporal, desconcentradas territorialmente, creadas para cada proceso electoral, referéndum y otras consultas populares. Se encargan de dirigir, coordinar, supervisar y controlar las actividades de gestión jurisdiccional, fiscalizadora y administrativa dentro de sus respectivas circunscripciones, a fin de garantizar el respeto a la voluntad ciudadana en todo proceso electoral.

Los Jurados Electorales Especiales están constituidos por tres miembros:

1. Un juez superior titular en ejercicio de la corte superior bajo cuya circunscripción se encuentra la sede del jurado electoral especial, quien lo preside. Simultáneamente, también designa a su suplente.
2. Un miembro designado por el Ministerio Público, elegido entre los fiscales superiores en actividad y jubilados. Simultáneamente, también designa a su suplente.
3. Un miembro titular y suplente designado por el Jurado nacional de Elecciones mediante sorteo en acto público de una lista de veinticinco ciudadanos que residan en la sede del jurado electoral y que se encuentren inscritos en el Registro Nacional de Identificación y Estado Civil, conforme lo establece el artículo 33 de la Ley N° 26486 (Ley Orgánica del Jurado Nacional de Elecciones).

Los miembros integrantes de los Jurados Electorales Especiales se mantendrán en sus cargos hasta la proclamación de los candidatos y la entrega de sus respectivas credenciales; con excepción del Presidente del Jurado, quien se mantendrá en el cargo hasta la rendición de cuentas de los fondos asignados, plazo que no puede ser mayor a diez (10) días, bajo responsabilidad, contados desde la proclamación de los candidatos y la entrega de las respectivas credenciales.

Funciones

1. Inscribir las listas de los candidatos, según se le confiera esa facultad en cada tipo de proceso electoral.
2. Expedir las credenciales de los personeros de las agrupaciones que participen en los procesos electorales, de acuerdo a los Reglamentos que expida el Jurado Nacional de Elecciones.
3. Fiscalizar la legalidad de la realización de los procesos electorales y del ejercicio del sufragio, aplicando el Manual de Procedimientos de Fiscalización aprobado por el Jurado Nacional de Elecciones.
4. Velar por el cumplimiento obligatorio de las resoluciones y directivas del Jurado Nacional de Elecciones, de las normas sobre organizaciones políticas y demás disposiciones referidas a la administración de justicia electoral.
5. Administrar justicia electoral en primera instancia, con criterio de conciencia, independencia y autonomía.
6. Proclamar los resultados del referéndum o de otro tipo de consulta popular llevados a cabo en su ámbito, en función a la información de resultados de la Oficina Descentralizada de Procesos Electorales (ODPE) y a los resultados de fiscalización luego de aplicar el Manual de Procedimientos y haber subsanado las incidencias encontradas.
7. Proclamar y expedir las credenciales a los candidatos elegidos, de acuerdo a las directivas que emita el Pleno del Jurado Nacional de Elecciones, al respecto.
8. Expedir las credenciales correspondientes a los candidatos elegidos en virtud del proceso electoral ante su jurisdicción, de acuerdo a los Reglamentos que emita el Jurado Nacional de Elecciones.
9. Declarar la nulidad de un proceso electoral, de referéndum u otras consultas populares en primera instancia, conforme a Ley.
10. Resolver las tachas formuladas contra los ciudadanos sorteados para conformar las mesas de sufragio, conforme a la Ley Orgánica de Elecciones y a las directivas y procedimientos que emita el Pleno del Jurado Nacional de Elecciones.
11. Poner en conocimiento del Jurado Nacional de Elecciones y de la Autoridad competente, las infracciones o delitos cometidos por las personas, autoridades, funcionarios o trabajadores públicos, en aplicación de las normas electorales, acompañando las pruebas correspondientes, registrando tales infracciones o delitos en el reporte de incidencias establecido por el Manual de Procedimientos de Fiscalización Electoral.
12. Resolver las impugnaciones de las decisiones de los miembros de mesas hechas durante la votación y el escrutinio en las mesas de sufragio. m) Resolver en primera instancia las observaciones de las actas electorales.
13. Remitir al Jurado Nacional de Elecciones los resultados electorales obtenidos, confrontando las incidencias evidenciadas por la labor de fiscalización con los resultados que emite la Oficina Descentralizada de Procesos Electorales (ODPE).
14. Administrar los fondos que se le asignen, de acuerdo a Ley y sujetándose a las normas y procedimientos de los sistemas de Contabilidad y de Tesorería, así como a las directivas emitidas por el Jurado Nacional de Elecciones.
15. Designar a su personal administrativo de acuerdo a su presupuesto, aplicando la normativa existente sobre procesos de selección y contratación e incompatibilidades previstas en la Ley, así como las directivas emitidas por el Jurado Nacional de Elecciones.
16. Presentar antes de su cese, y por separado, un informe ejecutivo de su gestión fiscalizadora y otro informe de gestión administrativa, incluyendo en éste último los estados de cuenta y ejecución de presupuesto al Jurado Nacional de Elecciones, dentro del plazo establecido por Ley, bajo responsabilidad de sus miembros.
17. Resolver las tachas formuladas contra la inscripción de candidatos y organizaciones políticas y conceder los recursos de apelación, queja y nulidad que se interpongan contra sus resoluciones, elevando los actuados al Jurado Nacional de Elecciones.
18. Otras funciones que le sean asignadas por el Pleno, el Presidente del Jurado Nacional de Elecciones y las disposiciones legales vigentes.