El Despacho Jefatural es el órgano de máxima autoridad de la entidad. Está a cargo de un Jefe designado por Resolución Suprema con el refrendo del Ministro de Defensa, y constituye la máxima autoridad ejecutiva, institucional y administrativa de la entidad.

Para ser designado Jefe de la Agencia de Compras de las Fuerzas Armadas, se requiere:

• Contar con reconocida solvencia económica y moral, así como idoneidad profesional. Este requisito se acreditará demostrando no menos de siete (07) años de experiencia en un cargo de Gerencia o Dirección.
• Contar con grado académico en Derecho, Economía, Administración, Ingeniería, Ciencias o carreras afines.
• Contar con grado de Maestría o Doctorado, y con cursos de especialización o posgrado en materias afines.
• No haber sido inhabilitado para contratar con el Estado.
• No tener participación en personas jurídicas que contraten con el Estado.
• No estar inmerso en causal de impedimento para el ejercicio de la función pública.
• No haber sido condenado por delito doloso. h) Ser peruano de nacimiento.

Funciones:

• Aprobar, orientar y dirigir la Política General de la Agencia de Compras de las Fuerzas Armadas para el cumplimiento de sus funciones.
• Disponer la elaboración y proponer la aprobación del Plan Estratégico de Compras del Sector Defensa, en base a la determinación de las necesidades de bienes, servicios, obras y consultorías que presenten los órganos bajo su ámbito de competencia.
• Dirigir y supervisar la ejecución de las etapas de los procesos de contratación a cargo de la Agencia de Compras, en concordancia con lo dispuesto en el Plan Estratégico de Compras del Sector Defensa, y las disposiciones establecidas en la Ley de Contrataciones del Estado, su Reglamento, y las normas que sean aplicables para las contrataciones en el mercado extranjero.
• Proponer, para su aprobación mediante Decreto Supremo refrendado por el Ministro de Defensa, con voto aprobatorio del Consejo de Ministros, la Lista General de Contrataciones, de acuerdo a lo establecido en el literal d) del artículo 20° de la Ley de Contrataciones del Estado.
• Proponer, para su aprobación mediante Decreto Supremo refrendado por el Ministro de Defensa, la Lista General de Contrataciones consideradas estratégicas en materia de Seguridad y Defensa Nacional, que sean efectuadas a través de contratos internacionales o de Gobierno a Gobierno.
• Aprobar las Directivas, Manuales u otros instrumentos análogos o disposiciones normativas, para los procesos de contratación a su cargo.
• Suscribir los convenios de cooperación interinstitucional nacionales e internaciones en el ámbito de su competencia, dando cuenta de los mismos al despacho viceministerial de Recursos para la Defensa.
• Implementar el modelo de servicios compartidos en la Agencia de Compras de las Fuerzas Armadas, para apoyar a los órganos bajo su ámbito de competencia.
• Expedir las resoluciones de los recursos de apelación que se presenten en los procesos de selección correspondientes a Adjudicaciones de Menor Cuantía o Adjudicaciones Directas Selectivas, convocados por la Agencia o por cualquiera de los órganos bajo su competencia así como de las impugnaciones que se presenten en los procesos de contrataciones en el mercado extranjero que convoquen la Agencia.
• Requerir a los titulares de los órganos bajo su competencia, la información necesaria para el cumplimiento de las funciones de la Agencia de Compras, quienes tendrán la obligación de proporcionarla en la oportunidad debida, bajo responsabilidad.
• Informar al Ministro de Defensa sobre los procesos de contrataciones de bienes, servicios, obras y consultorías efectuadas para los órganos bajo su competencia, así como de los procesos realizados por encargo.
• Implementar los procedimientos administrativos que proponga la Secretaría General, con la finalidad de garantizar los mecanismos de reserva y secreto en los procesos de contrataciones cuando corresponda, así como supervisar su cumplimento.
• Designar, a propuesta de los órganos correspondientes de la Agencia, a los integrantes de los Comités Especiales de los procesos de contratación en el mercado nacional y mercado extranjero, así como a los integrantes de los Comités de Negociación de los contratos bajo la modalidad de Gobierno a Gobierno.
• Remitir a la Contraloría General de la República, con copia al Ministro de Defensa, los informes técnicos, legales y financieros para solicitar la opinión previa favorable para las contrataciones de bienes, servicios y obras con carácter de secreto militar, de acuerdo a la normatividad aplicable.
• Remitir al Ministro de Defensa el proyecto de Decreto Supremo, incluyendo el estudio de mercado, los informes técnico, económico y financiero, así como un informe legal, que declare de interés nacional el objeto de la contratación de un bien a ser adquirido bajo la modalidad de contratación de Gobierno a Gobierno.
• Autorizar a los órganos bajo su competencia la realización de los procesos de contratación en el mercado extranjero y la suscripción del contrato respectivo, cuando el caso así lo amerite.
• Aprobar el Presupuesto Institucional de Apertura y sus modificaciones presupuestarias.
• Las demás que se señalen por normativa expresa. El Jefe de la Agencia puede delegar total o parcialmente las funciones que le corresponda, siempre que no sean privativas a su cargo; entre ellas, delegar la autoridad administrativa a la Secretaría General. Dicha delegación se formaliza mediante Resolución Jefatural.