Es el órgano conformante del Sistema Nacional de Control, encargado de ejecutar el control gubernamental interno posterior, en cumplimiento de los planes y programas anuales, y el control gubernamental externo, por encargo de la Contraloría General de la República, de conformidad con lo establecido por la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República y demás disposiciones legales vigentes; está a cargo de un Jefe, quien es designado por la Contraloría General de la República y actúa de conformidad con las normas del Sistema Nacional de Control y demás disposiciones legales vigentes.

El Órgano de Control Institucional cuenta con la siguiente estructura:

Oficina de Inspecciones

Evalúa la gestión institucional en las actividades mineras, energéticas y ambientales que realizan los órganos correspondientes de la entidad, así como las actividades administrativas de conformidad con la normatividad vigente.

Oficina de Auditoría

Realiza el control posterior de la gestión y resultados en los aspectos administrativos y financieros en los órganos del Ministerio, de conformidad con las normas vigentes.