Hasta el primer semestre del año 1978, el sector Agricultura del departamento de Huánuco pertenecía a tres departamentos, la provincia de Puerto Inca era un sector de la sub zona de Pucallpa, de la Zona Agraria de Loreto; la provincia de Leoncio Prado, era sub zona de la Zona Agraria San Martín; y, las provincias de Huánuco, Ambo, Pachitea, Dos de Mayo y Huamalíes, eran sub zona de la Zona Agraria X Huancayo; mientras que la provincia de Marañón, por su lejanía, no era atendida.

En los años 1962 a 1975 aproximadamente, se implementa en la cuenca del alto Huallaga, el Proyecto Tingo María - Tocache – Campañilla, con financiamiento del BID, siendo la sede en Aucayacu y la subsede en Campañilla, cuyo ámbito comprendía la provincia de Leoncio Prado y los distritos de Monzón y Cholón de las provincias de Huamalíes y Marañón respectivamente, y la provincia de Tocache del departamento de San Martín; quienes apoyaron el proceso de colonización de la zona de selva. El que fue transferido por la Zona Agraria San Martín a la Región Agraria VII Huánuco, organismos que asumió la liquidación del proyecto.

Mediante Decreto Supremo N° 100-78-AA de fecha con fecha 13 de julio, se crea como Región Agraria VII, con categoría de programa presupuestal y dependencia directa del Ministerio de Agricultura, teniendo como ámbito jurisdiccional los departamentos de Huánuco y Pasco.

En los años posteriores como producto de las constantes reestructuraciones del Ministerio de Agricultura, tuvo diferentes nombres: Región Agraria XI, Unidad Agraria Departamental XIV, y con la creación de la ex región Andrés Avelino Cáceres, se llamó Sub Dirección Regional Agraria y luego, Dirección Regional Agraria.

Con la creación der los gobiernos regionales y en cumplimiento a artículo 51 de la Ley N° 27867 Ley Orgánica de Gobiernos Regionales, se recibió la transferencia de 14 funciones por el Ministerio de Agricultura y COFOPRI. Mediante Ordenanza Regional N° 075-2009-CR-GRH, de fecha 17 de noviembre del 2009, se aprobó la modificación del Reglamento de Organización y Funciones (ROF), con el nombre de Dirección Regional de Agricultura; la transferencia de las funciones e) y q) se concluyó en febrero del año 2014, con la incorporación de las Administraciones Técnicas de Forestal y de Fauna Silvestre de Huánuco y Tingo María, creación de la Administración Técnicas de Forestal y de Fauna Silvestre de Puerto Inca; y, las 11 Agencias Agrarias y 12 Oficinas Agrarias .

El Gobierno Regional de Huánuco cuenta con un nuevo Reglamento de Organización y Funciones (ROF) aprobada el 20 de noviembre del 2020, mediante Ordenanza Regional N° 040-2020-GRH-CR en el marco de la Ley de Modernización de la Gestión del Estado (Ley N° 27658), se ha modificado el nombre de Dirección Regional de Agricultura por Dirección Regional de Desarrollo Agrario y Riego.