Son unidades de organización que agrupan servidores civiles al interior de una estructura funcional, órgano o unidad orgánica dentro del cual se constituye para el cumplimiento de sus funciones de línea o administración interna.

Este equipo de trabajo, se formaliza mediante resolución de la máxima autoridad administrativa en donde se establecen las líneas jerárquicas, funciones y coordinador a cargo de la unidad funcional.

• Unidad Funcional para el pago de reparaciones civiles a favor del Estado, encargada de implementar y ejecutar las disposiciones establecidas en la Ley N° 30737
• Unidad Funcional para el fortalecimiento de la lucha del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos contra la corrupción y el crimen organizado
• Unidad Funcional de Proyectos de Innovación y Transformación Digital
• Unidad Funcional de Defensa Nacional y Gestión del Riesgo de Desastres
• Unidad Funcional de Coordinación y Articulación en temas de Justicia y Derechos Humanos
• Unidad Funcional de Asuntos Internacionales
• Unidad Funcional de Gestión de Información Estratégica
• Unidad Funcional de Supervisión de Contrato Innominado de prestación de servicio de Seguridad Tecnológica en las prisiones