Es la unidad orgánica encargada de ejercer las labores de investigación y control, así como programar las labores de inspección indicados por la Gerencia de Fiscalización y Orientación al Contribuyente. Esta oficina está a cargo de un Responsable que coordina sus actividades con la Gerencia de Fiscalización y Orientación al Contribuyente y demás órganos del SATT. La Oficina de Programación Operativa depende jerárquicamente de la Gerencia de Fiscalización y Orientación al Contribuyente del SATT, y no tiene mando directo sobre otra unidad orgánica.