En 1535 se funda la Ciudad de los Reyes, inmediatamente después la Iglesia Católica inicia dentro de su propia organización, la labor de evangelización de la población indígena.
En 1557 se crea la Doctrina de Santa María Magdalena, dando origen así al nombre de Magdalena a esta zona del valle bajo del Rimac.
En 1857, a inicios de la etapa republicana, se crean los primeros distritos en todo el Perú, entre ellos el de Magdalena en la Provincia de Lima (Por Ley del 2 de Enero de 1857).
En 1872, apenas un año después que se terminara la demolición de las murallas de Lima, se crea un nuevo poblado, por iniciativa privada de dos ciudadanos peruanos y dos extranjeros, quienes deciden formar un pueblo al que en un principio llamarían Marbella cambiándole luego por el nombre definitivo de Magdalena del Mar, el día 1 de Julio de 1872. Este día sería tomado como la fecha de aniversario del distrito.
Asimismo, en el desarrollo urbano de Lima, Magdalena del Mar jugó un importantísimo papel ya que fue el primer poblado y al mismo tiempo balneario, que se convirtió en un polo de desarrollo, originándose luego y a partir del mismo, una serie de nuevas urbanizaciones.
En 1920, el antiguo distrito de Magdalena se divide en tres partes, elevando a la categoría de Distrito al pueblo de Magdalena que ya contaba con 48 años de existencia y creándose también los distritos de San Miguel y de Magdalena Vieja (Ley Nº 4101 del 10 de Mayo de 1920).
