El Órgano de Control Institucional es la unidad orgánica encargada de lograr la ejecución del control gubernamental en la DIRESA Ucayali, en armonía con la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y las disposiciones legales vigentes, depende técnica y funcionalmente de la Contraloría General de la República y administrativamente de la Dirección Regional de Salud de Ucayali.

Se encuentra a cargo de un jefe designado por la Contraloría General de la República, el cual mantiene vinculación de dependencia funcional y administrativa, en su condición de ente rector del Sistema Nacional de Control y se sujeta a sus lineamientos y disposiciones en materia de Control Gubernamental.