La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana (UNAP) fue creada el 14 de enero de 1961 mediante Ley 13498 promulgada por el Gobierno de don Manuel Prado Ugarteche, como consecuencia a diversas acciones que la comunidad de Loreto venía efectuando desde la década de los 50 del siglo XX, con el propósito de contar con una institución de estudios superiores. De acuerdo con esta Ley, la Universidad debía estar conformada inicialmente por las siguientes Escuelas Superiores:

• Escuela de Ingeniería Químico-Industrial
• Escuela de Agronomía, Escuela de Mecánica y Electricidad
• Institutos técnicos de grado medio y centros de capacitación para obreros
• Instituto de Investigación de los Recursos Naturales y un Instituto Antropológico.

Para hacer realidad el desarrollo de las actividades de la institución recién establecida y, de conformidad con el artículo 7° de la Ley 13498, se creó el Consejo de Administración de la Universidad que estuvo presidido por el ministro de Educación Pública, doctor Alfonso Villanueva Pinillos, e integrado por tres catedráticos de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, dos catedráticos de la Universidad Nacional de Ingeniería y un catedrático de la Universidad Nacional Agraria La Molina. El secretario general del Ministerio de Educación Pública actuó como secretario del Consejo. El objetivo del Consejo fue formular el plan de organización, financiación y funcionamiento de la institución; ejercer su representación jurídica; administrar sus rentas; nombrar o contratar el personal docente y administrativo; y formular y aprobar el presupuesto para el primer año de labores de la Universidad.

La Ley de creación de la UNAP consideró que para colaborar con el Consejo de Administración se debería establecer un Patronato. Este grupo se organizó de tal manera que tuvo la participación de notables personalidades políticas, académicas, de los diversos poderes del Estado y del empresariado; estuvo presidido por un delegado del presidente de la República, el general de División (r) Manuel Morla Concha. Según la misma Ley, tanto el Consejo de Administración como el Patronato, cesarían en sus funciones al elegirse las autoridades de la Universidad.

El 13 de abril de 1962, se aprobó el Estatuto Preliminar de la UNAP, mediante el Decreto Supremo 21, el mismo que constaba de siete títulos y 118 artículos.

Cubiertos todos los trámites legales que exigía la creación de la UNAP y conformado el Consejo de Administración, así como un Patronato de ciudadanos honorables, fue necesario tomar la iniciativa para iniciar el proceso académico. En los primeros días de mayo de 1962 se realizó el primer examen de admisión en la UNAP; aprobaron el examen 243 postulantes.

La ceremonia inaugural del año académico se realizó el 31 de mayo de 1962, en el salón Ramón Castilla de la Municipalidad Provincial de Maynas, la misma que estuvo presidida por el doctor Eduardo de Souza Peixoto Hidalgo, presidente ejecutivo del Consejo de Administración, y con la presencia de los distinguidos integrantes del Patronato, autoridades de la localidad y numeroso público. El 4 de junio de 1962, se llevó a cabo el inicio del primer año académico de la UNAP, a cargo del doctor Emilio Gordillo Angulo, director del Ciclo Básico de la Universidad, en el local de lo que en ese momento se denominaba Gran Unidad Escolar Mariscal Óscar R. Benavides.

El Consejo de Administración designó como rector encargado de la UNAP al doctor Eduardo de Souza Peixoto Hidalgo, desde el 28 de diciembre de 1963 hasta el 23 de octubre de 1964. Su gestión solo duró ocho meses, pues en ese lapso se eligió al primer rector oficial con la anuencia de la primera Asamblea Universitaria de la UNAP, que se había instalado en 1964.

El primer rector electo, de acuerdo con las normas legales y el Estatuto de la Universidad, fue el doctor Emilio Gordillo Angulo, quien inició su gestión oficial el 24 de octubre de 1964 y lo culminó el 24 de octubre de 1969.

El 1 de mayo de 1984, con Resolución 001-84-AE-UNAP, se aprobó y promulgó el Estatuto General de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana (Egunap). Mediante el Egunap, la Universidad organizó el régimen académico con nueve facultades: Agronomía, Ciencias Administrativas y Contables (actualmente Ciencias Económicas y de Negocios), Ciencias Biológicas, Ciencias de la Educación y Humanidades, Ingeniería Forestal (ahora Ciencias Forestales), Enfermería, Ingeniería en Industrias Alimentarias (en la actualidad Industrias Alimentarias), Ingeniería Química y Medicina Humana.

En 1987 se creó la Escuela de Postgrado. En 1990, se creó la Facultad de Zootecnia, con sede en la ciudad de Yurimaguas. En 1997 se creó la Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática, la que inicialmente se ubicó en la ciudad de Nauta. También en 1997, se crearon las Facultades de Derecho y Ciencias Políticas y, Farmacia y Bioquímica. En 1998 se creó la Facultad de Odontología.

La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana también está en la tarea de adaptación como respuesta a los requerimientos académicos, de investigación y sociales demandados por la región y el país. Actualmente, cuenta con más de ocho mil estudiantes en pregrado y postgrado, y más de seiscientos docentes. A través de sus catorce facultades ofrece treinta carreras de formación profesional y en su Escuela de Postgrado diversos programas de maestría y doctorado.

La UNAP se adecuó institucionalmente a la nueva Ley Universitaria 30220, tanto académica como administrativamente. Sobre esta base legal, el 15 de diciembre de 2014 mediante Resolución de Asamblea Estatutaria 001-2014-AE-UNAP, aprobó su nuevo estatuto. Asimismo, está sentando las bases para un programa de fortalecimiento para la calidad, al haber sido incluida por la mencionada Ley como referente por su antigüedad y situación geográfica, junto a otras once universidades públicas.

Con Resolución del Consejo Directivo 012-2019-SUNEDU/CD del 31 de enero de 2019, la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria otorgó a la UNAP licencia institucional con una vigencia de ocho años, que nos permite ofrecer el servicio educativo superior universitario en el país, luego de haber demostrado el cumplimiento de las condiciones básicas de calidad exigidas por la Ley 30220. Un importante logro y reconocimiento a la labor de las autoridades, estudiantes, docentes y trabajadores administrativos que con su esfuerzo alcanzaron esta gran meta.

En Loreto, la UNAP es una institución educativa descentralizada. Su sede está ubicada en la ciudad de Iquitos, y además, tiene escuelas en funcionamiento en las ciudades de Caballococha, Contamana, Nauta, Requena, Yurimaguas y San Lorenzo.