La Secretaría General de la Universidad Nacional Autónoma de Alto Amazonas cumple las siguientes funciones:

• Proponer a la Presidencia las normas y los procedimientos institucionales sobre asuntos inherentes a su competencia funcional.
• Asesorar en materia de su competencia a los órganos y unidades orgánicas de la universidad.
• Elaborar los proyectos de resoluciones de la Asamblea Universitaria, Consejo Universitario y Presidencia.
• Elaborar y llevar la custodia de las actas de la Asamblea Universitaria, el Consejo Universitario y la Presidencia.
• Planear, supervisar y evaluar los procesos inherentes a los sistemas de archivo y trámite documentario, de acuerdo con la normatividad vigente y a las disposiciones internas de la universidad.
• Custodiar y velar por la integridad del acervo documentario como parte del Patrimonio Documental de la Nación.
• Planear, supervisar y evaluar los procedimientos inherentes al registro de grados y títulos otorgados por la universidad.
• Gestionar el referendo de los diplomas de grados académicos, títulos profesionales y certificados de estudios de pregrado y postgrado emitidos por la universidad.
• Firmar, registrar y expedir certificaciones oficiales y distinciones honoríficas conferidas por la universidad.
• Informar o emitir opinión a la Presidencia sobre asuntos inherentes a su competencia funcional.
• Las demás acciones que disponga el estatuto y normas conexas.