El consejo de facultad de la Universidad Nacional Autónoma de Alto Amazonas tiene las siguientes funciones:

• Proponer al consejo universitario la contratación, nombramiento, ratificación y remoción de los docentes de sus respectivas áreas.
• Aprobar los currículos y planes de estudio, elaborados por las escuelas profesionales que integren la facultad.
• Dictar el reglamento académico de la facultad que comprende las responsabilidades de docentes y estudiantes, así como los regímenes de estudio, evaluación, promoción y sanciones, dentro de las normas establecidas por el estatuto de la universidad.
• Establecer las políticas y normas de la gestión académica - administrativa de la facultad.
• Proponer al consejo universitario sobre sanciones a los docentes y estudiantes que cometan faltas, y a la garantía del debido proceso.
• Aprobar el plan de funcionamiento y desarrollo de la facultad y el informe de gestión presentados por el decano de la facultad.
• Conocer y resolver todos los demás asuntos que se presenten dentro del área de su competencia.