Esta conformado por el Sistema de Gestión de la Calidad, el Sistema de Gestión de Seguridad de la Información y el Sistema de Gestión Antisoborno.

Sistema de Gestión de la Calidad

Estas son las funciones de las siguientes gestiones en la sede central:

• Gestión del Control Migratorio:
• Control de ingreso y salida del país de nacionales y extranjeros en el puesto de control migratorio del Aeropuerto Internacional Jorge Chávez.
• Control de ingreso y salida del país de nacionales y extranjeros vía marítima en el puesto de control migratorio en el Puerto Callao.
• Gestión de Emisión de Documentos de Viaje: emisión de pasaporte electrónico.
• Gestión de Inmigración: emisión de carnet de extranjería por cambio de calidad migratoria.
• Gestión de Nacionalización:
• Nacionalización peruana por matrimonio.
• Emisión del título o registro de nacionalidad.
• Gestión de Atención al Usuario:
• Atención al migrante en situación de vulnerabilidad.
• Canales de atención.

Estas son las funciones de las siguientes gestiones a nivel nacional:

• Gestión del Talento Humano:
• Gestión de las acciones de capacitación.
• Selección de personal.
• Procedimiento administrativo disciplinario.
• Gestión de la Integridad:
• Investigación preliminar.
• Visitas inopinadas.

Esta es la función de la siguiente gestión a nivel de Lima y provincias:

• Gestión de la Verificación y Fiscalización Migratoria: operativos de verificación y fiscalización migratoria.

Sistema de Gestión de Seguridad de la Información

Se encarga de la recertificación del Sistema de Gestión de Seguridad de la Información-ISO 27001, para el alcance del proceso de emisión de pasaporte electrónico.

Sistema de Gestión Antisoborno

Se encarga de la certificación del Sistema de Gestión Antisoborno ISO 37001:2016 para el alcance del proceso de Emisión de Pasaporte Electrónico.