En 46 años de vida institucional desde que fue constituido como Proyecto Especial Regional a cargo del Gobierno Regional Inka, en ese entonces, hoy Gobierno Regional del Cusco, el Plan MERISS ha modificado su organización estructural hasta en 4 oportunidades.

Esta evolución se ha llevado a cabo siguiendo las necesidades técnicas e institucionales consideradas y regidas por el Reglamento de Organización y Funciones (ROF) del Gobierno Regional, así como las estrategias planteadas en los diferentes documentos referidos a los planes de desarrollo regional y la Política Agraria del Gobierno Nacional. Ello motivó cambios en la estructura organizacional, básicamente en los órganos de línea.

La primera estructura orgánica contemplaba como órganos de línea a 5 unidades operativas (proyectos o sedes ubicadas en 2 regiones), los cuales tuvieron un papel preponderante como órganos desconcentrados en la intervención de proyectos. Esta situación fue contemplada por la asesoría de la Misión Técnica Alemana con el apoyo de proyectos de desarrollo como el Programa de Autoayuda, los Proyectos de Emergencia, el Fondo Rotatorio y el Programa Forestal.

Estos programas contribuyeron al desarrollo de obras y actividades de ayuda y apoyo directo a las comunidades y organizaciones de riego del ámbito de intervención del Plan MERISS. Así, se ejecutaron diversos proyectos pequeños de ejecución inmediata y controlada por los beneficiarios (control de almacenes y avance de obra).

La estructura orgánica referida a las 3 unidades de gestión, basada en el posicionamiento georreferencial, contaba con una dirección técnica que coordinaba con dichas unidades de gestión. Estas se encontraban geográficamente en 3 pisos altitudinales entre los 4600 y 800 m s. n. m. (zonas alto andinas, valles interandinos y ceja de selva), definidas bajo un criterio de regiones naturales y, en alguna medida, por las divisiones políticas de las 13 provincias de la región Cusco.

Para el año 2015, se desarrolló una nueva modificación en los órganos de línea, la misma que contempla 3 nuevas direcciones: Dirección de Estudios, Dirección de Sistemas de Riego y Dirección de Gestión del Conocimiento. Esta nueva estructura tenía el propósito de fortalecer la Gestión Integrada de los Recursos Hídricos con enfoque en las cuencas del Apurímac, del Vilcanota y de Madre de Dios.

De esta manera, se logró impulsar al equipo de Estudios como una dirección independiente, con el objetivo de dedicarse íntegramente al desarrollo de proyectos de identificación, elaboración y evaluación de proyectos en su fase de preinversión.

Asimismo, se creó la Dirección de Gestión del Conocimiento para fortalecer las capacidades y difusión de conocimientos y experiencias de años de trabajo de los profesionales que intervinieron en la ejecución de obras de infraestructura de riego para el desarrollo del agro en la región Cusco.