La Dirección Regional de Educación de Puno, según el Decreto Supremo N° 015-2002-ED y Resolución Suprema N° 203-2002-ED, que aprueba los ámbitos jurisdiccional, Organización Interna y CAP de diversas Direcciones Regionales de Educación y sus respectivas Unidades de Gestión Educativa, siendo la Estructura Orgánica la siguiente:

ÓRGANO DE DIRECCIÓN
- Dirección Regional

ÓRGANOS DE LÍNEA
- Dirección de Gestión Pedagógica
- Dirección de Gestión Institucional

ÓRGANO DE ASESORAMIENTO
- Oficina de Asesoría Jurídica

ÓRGANO DE APOYO
- Oficina de Administración

ÓRGANO DE CONTROL
- Oficina de Auditoría Interna

ÓRGANOS DE PARTICIPACIÓN
- Consejo Participativo Regional de Educación

ÓRGANOS DESCONCENTRADOS
- Unidades de Gestión Educativa Local
- Instituciones Educativas