Gerencia Municipal
- Es el órgano responsable de dirigir la administración municipal. Además, se encarga de conducir y articular el planeamiento, organización, ejecución, evaluación y supervisión de las acciones y actividades que se desarrollan en la Municipalidad Distrital de San José de Los Molinos ICA dentro del marco de los dispositivos legales vigentes.
Secretaría General
- Es el órgano de apoyo a las acciones administrativas del Concejo Municipal y la Alcaldía. Se encarga de las actividades relacionadas a la recepción, el registro, la tramitación y el archivo de la documentación de la municipalidad, así como del proceso de matrimonios en el distrito. Depende funcional y jerárquicamente de la Alcaldía.
Procuraduría Pública Municipal
- Es el órgano de defensa jurídica encargado de todas las acciones que conlleven a garantizar los intereses y derechos de la Municipalidad Distrital de San José de Los Molinos ICA mediante la representación y la defensa en procesos judiciales, administrativos, arbitrales y conciliatorios.
Oficina de Administración
- Es el órgano de apoyo encargado de proporcionar el soporte administrativo requerido en la Municipalidad Distrital de San José de Los Molinos ICA mediante la administración de los recursos humanos, logísticos, la prestación de servicios generales.
Oficina de Planificación y Presupuesto
- Es el órgano encargado de la administración de los recursos financieros del sistema municipal, en concordancia con la Ley Orgánica de Municipalidades y las disposiciones legales aplicables.
Oficina de Asesoría Legal
- Es el órgano responsable de asesorar y emitir una opinión legal en asuntos jurídicos y normativos que requieran en la municipal. Propone, formula, evalúa y visa los proyectos de normas y documentaciones de carácter institucional que sean sometidos a su consideración.