La Municipalidad Distrital de Huamanquiquia, es un Órgano de Gobierno Local, de conformidad a la Ley Orgánica de Municipalidades, ley Nº 27972 promotor del desarrollo local sostenible, con personería jurídica de derecho público y autonomía política, económica y administrativa en asuntos de su competencia; con plena capacidad para el cumplimiento de sus fines, aplicando las leyes y disposiciones que, de manera general y de conformidad con la Constitución Política del Perú.

1. Concejo Municipal

Es el máximo Órgano de Alta Dirección de la Municipalidad Distrital de Huamanquiquia. Está integrado por el Alcalde quien lo preside y los cinco (05) Regidores que tienen potestad para ejercer sus funciones normativas y fiscalizadoras de conformidad a la Constitución Política del Perú y la Ley Orgánica de Municipalidades, su Reglamento Interno de Concejo (RIC) y demás disposiciones legales vigentes.

2. Alcaldía Municipal

La Alcaldía es el Órgano de la Alta Dirección Municipal que tiene la responsabilidad de dirigir, evaluar y supervisar el alcance de las metas establecidas de acuerdo a los lineamientos de política del Concejo y en armonía con los dispositivos y normatividad legales. Asimismo, es el Órgano Ejecutivo y el máximo órgano resolutivo de la Municipalidad Distrital de Huamanquiquia, está a cargo del Alcalde quién es la máxima autoridad administrativa.

3. Gerencia Municipal

La Gerencia Municipal es el órgano responsable de dirigir la gestión administrativa de la Municipalidad conducir y articular el planeamiento, organización, ejecución, evaluación, supervisión y control de las acciones y actividades que se desarrollan en la Municipalidad Distrital de Huamanquiquia dentro del marco de los dispositivos legales vigentes; este órgano está a cargo del Gerente Municipal que, es designado por el Alcalde, quien puede cesarlo sin expresión de causa.

4. Órgano de Control Institucional

El Órgano de Control Institucional, es el órgano responsable del control de las actividades de gestión, de acuerdo en la Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y la normativa de la materia. De acuerdo a sus planes y programas anuales, evalúa y verifica los aspectos administrativos del uso de los recursos y bienes de la Municipalidad, así como la gestión y ejecución llevadas a cabo, en relación con las metas trazadas y resultados obtenidos.

5. Oficina de Secretaría General

La Oficina de Secretaría General, es el órgano de apoyo de la Municipalidad Distrital de Huamanquiquia de segundo nivel organizacional, responsable de asegurar el vínculo entre los niveles de gobierno y del ejecutivo de la Municipalidad, a través de un eficiente control documentario. Es el encargado de los asuntos relacionados a las sesiones ordinarias y extraordinarias del Concejo, tramitación y/o archivo de la Municipalidad, Acuerdos emanados del Concejo Municipal, difusión y emisión de las disposiciones de Concejo Municipal y del Alcalde.