Estas fiscalías investigan los delitos de corrupción que afectan el correcto funcionamiento de la administración pública. Actualmente, hay 34 distritos fiscales donde funcionan 42 fiscalías provinciales de este subsistema especializado a nivel nacional, con un total de 117 despachos provinciales.

La creación de las Fiscalías Especializadas en Delitos de Corrupción de Funcionarios se produjo el 10 de noviembre del 2000 donde, mediante Resolución N° 020-2000-MPFN, fueron creadas las primeras Fiscalías Especializadas destinadas a investigar los develados actos de corrupción en el gobierno del expresidente de la República Alberto Fujimori Fujimori y su asesor Vladimiro Montesinos Torres.

Las funciones y estructura organizativa de la FECOF están establecidas en el  Reglamento de las Fiscalías Especializadas en Delitos de Corrupción de Funcionarios, Fiscalías Especializadas en Criminalidad Organizada y Fiscalías Especializadas en Lavado de Activos y Pérdida de Dominio.

Competencias

• Conocer e investigar los delitos y conexos tipificados en las secciones II, III y IV, artículos 382 a 401 del Capítulo II, del Título XVIII del Código Penal.
• Delitos señalados en la Resolución de la Fiscalía de la Nación N° 1833-2012-MP-FN.
• Conocer las investigaciones comprendidas en los siguientes supuestos: organización criminal, gravedad, complejidad, repercusión nacional o internacional, que el delito sea cometido en más de un distrito fiscal o que sus efectos superen dicho ámbito. Estas fiscalías conocerán las investigaciones correspondientes a su competencia preservando el principio de unidad de la investigación.